在九江，陈明仁率预二师与日军展开了殊死搏斗，坚守住了阵地，预二师因此得到了蒋介石的嘉奖。但因国民党军内部派系林立，明争暗斗，在陈诚的指使下，预二师成了“牺牲品”，被撤销了番号。后来，陈明仁到了汉口，何应钦决定将四川的3个补充团整编为一个师，改换成正规番号，交给陈明仁指挥。陈明仁借机提出恢复预二师的番号，得到何应钦同意。1939年冬，陈明仁率预二师参加广西桂南会战，陈明仁身先士卒，受到嘉奖。1941年冬，陈明仁奉命率预二师进入云南昆明。预二师在陈明仁的经营下，发展很快，兵力达到将近一个军的数量。陈明仁不禁自我感觉良好起来。他觉得，这几年官位尽管仍然停留在中将师长的位置上，但实权在握，运筹自如，唯一不甚满意的是，由于长年累月作战，到云南后又担任修建工事任务，官兵的服装得不到上级补给，像个乞丐部队。对于这件事的不满，陈明仁不久在蒋介石面前爆发了出来。
原来，蒋介石在云南昆明游西山风景区时，碰上了穿着破烂的修筑工事的士兵，觉得有损国格。恼怒的蒋介石回到昆明，细细一查，得知这些士兵都是陈明仁部队的。他一气之下，对陈明仁来了一个明升暗降，改任陈明仁为第七十一军副军长，并限两天内办完移交手续。
这样的命令，陈明仁自然不服气。在蒋介石找陈明仁谈话时，陈明仁第一句话就是责问蒋介石为什么会这样？
蒋介石说：“你这个师长没当好！”
陈明仁更不服了：“我什么地方没做好？论作战，我每次得到嘉奖，也都是你给的；论训练，名列第一；论校阅，也算不错；前些日子，你还亲自发电报嘉奖我师纪律严明，为入滇部队之冠。为何今日突然变坏了呢？”
蒋介石自知理亏，便脱口而出：“你的部队衣服没穿好。任何部队没有像你这个部队穿得这样烂。”
