然而，关于6名罪犯的处理，中韩双方并没有取得一致意见。当时，中国和韩国当时并未建交。韩国当时和台湾方面还保持着“外交关系”。所以对该6名罪犯的处理，韩国方面明显受政治关系的左右。中国方面坚持，卓长仁等6名罪犯在劫机以前已犯了窃枪潜逃等罪行，而且武力劫持民航飞机是国际上公认的一种严重犯罪行为，因此要求韩国当局将6名劫机罪犯交由中国司法机关依法惩处，韩国方面则表示要按他们的法律处理。
然而事件发生之后，台湾当局公然称赞劫机罪行为“起义”，并表示“欢迎机上人员赴台”，台湾当局频繁活动，对韩国当局施加压力，计划派遣一个由18人组成的所谓“律师代表团”飞赴首尔，企图把6名劫机罪犯遣送至台湾。
在各方博弈之下，5月22日韩国最高法院对卓长仁等6名罪犯作出终审判决，维持对他们分别判处四至六年徒刑的原判。
1984年8月13日，韩国方面宣布对卓长仁等六名罪犯“停止服刑”，“驱逐出境”，并于当天将他们送往台湾。
卓长仁等六名劫机犯被台湾方面当成“义士”
更为嘲讽的是，这6名刑事罪犯被台湾当局称为“投奔自由的反共义士”，并被赠与巨额黄金作为“奖励”。
曾有媒体形容卓长仁与同伙刚到台湾的生活为“彩带加身，好不风光”，6名劫机犯到达台湾后，蒋经国亲自“召见”，并指示所谓的“大陆灾胞救济总会长”和“总统府秘书长”安排他们的工作、生活及学习，“以使6人在台湾一生都过得无忧无虑”。
在卓长仁事件的示范下，台湾似乎一时成为劫机者的天堂。到了1993年，中国大陆共有10架民航客机被歹徒劫持，全部飞往台北桃园国际机场，这一年也被称为“劫机年”。
并无学术专长的卓长仁先被安排在“大陆问题研究中心”当“研究员”，后“留职停薪”被安排到台军“政战学校”“深造”。据台湾有关方面统计的数据，卓长仁曾在台北等地的电视台、广播电台、工厂、学校、机关及台军中发表近百场反共演说。
一度在台北拥有千坪以上的土地的卓长仁最初生活堪比富豪，但他很快将其挥霍，加之两岸关系已发生微妙变化，他已渐渐失去政治宣传的价值。卓长仁先是被“政战学校”抛弃，随后又被“大陆问题研究中心”停职停薪，生活迅速陷入困境。
台方向卓长仁颁发证书
1991年7月，卓长仁、姜洪军商议进行绑架，目标为台北市国泰综合医院副院长王欲明之子王俊杰，并且先将其杀害再勒索赎金新台币5000万元。同年11月事情败露，卓长仁随后被判处死刑。
2001年，赴刑场时卓长仁坚持身着18年前劫机到韩国时的衣服。翌日，台湾媒体评论道：“昔日名利双收的‘反共义士’，如今步入刑场，自由的真谛为何，值得吾人深省”。
卓长仁等六名劫机犯
卓长仁在台湾因绑架杀人罪被判死刑
在台湾狱中的卓长仁
卓长仁劫机事件的影响：直接触发了“严打”
劫机事件发生之后，国家紧急处置劫机领导小组的通报曾对事件发生原因进行分析，当中除了用“不正之风掩盖着反革命活动，反革命分子利用了不正之风”和“敌情观念淡薄”这些今天看来稍显陌生的字眼外，还罕见地直言“这次劫机事件也暴露了我们公安队伍涣散无力，治安保卫工作上有许多弱点和漏洞”。
在1983年的中国，卓长仁事件并非孤例。
1983年4月从司法部调任公安部部长的刘复之回忆说，在其刚刚上任的前后几个月内先是出现杀死十名、杀伤十一名解放军、公安干警和普通群众的“二王”事件，各地又陆续有强奸、抢劫等恶性案件发生，包括劫机事件在内的多重压力让刘复之将当时的社会秩序表达为“妇女不敢在夜晚上班，父母牵挂儿女，群众失去安全感，党内党外反应强烈”。
7月19日上午9时，刘复之受约前往北戴河看望邓小平，后者以他惯有的坚决说：“在3年内组织一次，两次，三次战役，一个大城市，一网打尽，一次就打他一大批。我们保证最大多数人的安全，这就是人道主义。”一个半月之后，全国人大常委会通过了《关于迅速审判严重危害社会治安的犯罪分子的程序的决定》和《关于修改〈中华人民共和国人民法院组织法〉的决定》———这就是让无数经历过那一时代的人记忆深刻的“严打”。
