1948年2月，他被任命为海军海防第二舰队司令，驻防长江地区，配合中国国民党陆军抵御中国人民解放军南下。何去何从，进退两难。他与上海地下党员、海军总司令部新闻处上校专员、《海军月刊》社社长郭寿生联系。郭寿生动员他率部起义。他欣然接受，开始积极筹备。1949年2月25日，国民党海军“重庆号巡洋舰”在上海吴淞口宣布起义，林遵得到鼓舞和推动，即派亲信参谋欧阳晋去找郭寿生，进一步商量起义的具体事项。中共中央社会部通知解放军第三野战军速与联系，但因故未能联系上。社会部又改派上海地下党的林亨元与林遵联系，传达中共中央的指示，要求先按兵不动，待解放大军渡江时，再突然调转炮口起义。1949年4月20日，国民党政府拒绝在《和平协定》上签字，接着桂永清命令林遵的第二舰队全部集中南京江面，并要林遵23日拂晓前到海军总司令部报到，接受新任务。

图为解放军第八兵团司令陈士榘（右二）在林遵（右一）陪同下参观“永绥号”舰

“去不去?”林遵犹豫不决，考虑再三，还是去好。他不计个人安危说：“万一我回不来，就由戴参谋长代理我指挥。起义的计划不能改变!”当晚率领第二舰队各舰艇到南京笆斗山江面锚泊待命，自己登岸到总司令部去。桂永清见林遵来很高兴，拉着手就说：“总部决定，凡停在南京江面的舰艇，全部都交给你指挥，驶往上海。路遥知马力，国难见忠臣，这是党国和蒋总裁对你的信任和重视。”林遵故意面有难色说：“此事关系重大，我恐难承担，恭请总座坐镇指挥，我当全力效命。”桂永清鼓励他好好干，即使最后只剩下一艘军舰，也要为你请功，呈请任命你为海军副总司令，并颁授青天白日勋章。林遵装作勉为其难的样子，只得回到舰队。林遵既回，立即发信号，通知各舰舰长和炮艇艇长马上到旗舰开紧急会议，传达总部的命令后又说：“我不能盲目听命而置大家于不顾，我当听取大家意见，再作最后决定。”很快，分成了两派，有人主张起义，有人反对。林遵见时机成熟，胸有成竹说：“现在以无记名投票形式决定是否起义?”投票结果，赞成起义的占多数。于是，林遵郑重宣布：“第二舰队决定全体起义!”又通过给毛主席的致敬电。中国人民解放军第35军联络部部长张普生拉着林遵的手高兴地说：“我代表中国共产党和第三野战军首长欢迎你们，并祝贺你们起义成功。”国民党获悉，马上派6架飞机，对着舰艇狂轰滥炸。林遵指挥各舰反击。是晚，33军通知各舰舍舰保人，让起义官兵全部离舰上岸，安全转移。5月18日，毛主席复电，称赞这次起义是“在南京江面上的壮举”。

因此林遵率领国民党第二舰队起义对新中国海军建设意义及其重大。也可能因为这个原因，林遵有点自持功高，有点不把解放军这些“土包子”放在眼里。

毛泽东接见林遵一行

1946年12月15日，林遵等接收人员在太平岛举行升旗典礼并合影留念

张爱萍将军回忆中还说到：接收林遵时，他非常傲慢，认为功劳不小。我是诚恳的，还是讲两个跛子共同建设新中国海军的道理，但他有些不以为然。他坚持说你们是陆军，没有文化，不可能当海军。海军军官要高中毕业，水兵也要是个高小学生。对我这个司令也不买账。

甚至林遵和刘伯承见面时的谈话也不尽如人意。有一次张爱萍带林遵与刘伯承的谈话，谈话结束送走林遵后，刘帅说，他是要当我们解放军的海军司令啊！张爱萍随口说，那就让他当嘛...。刘帅马上说：那还是人民海军吗？！听得出，刘帅真的不高兴了。

万事开头难，中国人民解放军海军就在磕磕碰碰中开始了征程，林遵没多久发表任命为华东海军第一副司令。

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