会后，六机部副部长兼七院院长刘华清与七院副院长于笑虹分头行动，就核潜艇工程启动后的工作原则、任务分工及需请中央专委统筹解决的问题，听取了海军、国防科委、国防工办领导和各方面专家的意见，最后形成了《关于核潜艇研究制造的请示报告》。7月10日，报告以六机部党组的名义上报中央专委和有关中央领导。与此同时，二机部通过调查上报了《关于原子潜艇陆上模式堆建设地点和协作的报告》，对陆上模式堆建设地点、建成时间和要求，及有关部门承担的任务等，提出了具体要求。

8月15日，周恩来主持召开中央专委第十三次会议，研究批准了六机部、二机部的报告，并且明确了三条原则：一是认真执行大力协同的原则；二是立足国内，从现实出发，分两步走，先研制反潜鱼雷核潜艇，然后再搞导弹核潜艇；三是第一艘艇既是试验艇又要在主要战术技术性能上力求配套，可以作为战斗艇交付使用。

聂荣臻：“就是戴手铐，核潜艇工程我也抓定了！”

1966年夏，“文化大革命”开始了。鉴于国家机关大都受到造反派的冲击，中央军委于1966年秋做出决定，将核潜艇研制工程改由国防科委领导。原负责核潜艇工程领导、协调工作的六机部副部长兼七院院长刘华清调任国防科委副主任。这样，设在六机部办公楼的“09”工程办公室移师国防科委，刘华清以国防科委副主任的身份继续负责核潜艇工程的领导、协调工作。

核潜艇不仅兼有“两弹”所包含的技术，还有在深水下操作的重大技术难关，所以，参与研制工作的科研机构遍及20多个省市，承担研制生产任务的工厂上千家。3月18日，刘华清主持召开了由国务院有关部门、科研机构和海军等单位领导参加的工作协调会，讨论研究了导弹核潜艇方案论证、潜地导弹研制进度及研制任务具体分工等问题。

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