1947年1月1日，蒋打电报给北平市长何思源，要求查明此案。1月2日，何思源复电蒋介石，将向美方抗议、美方答复、学生游行情况向蒋报告。并报告有中共在其中发动：“又查此次事件发生后，奸党即利用机会，在各大学煽动，作扩大反美运动。当即联络党、团、军各方面，商讨处理办法，期使事件不致扩大，”“以期打破奸党阴谋。”

蒋2日整天的活动，均与此事件有关，“接见王世杰、朱家骅两部长，诘问处理学潮事，盖北平各校近因美兵奸污北大女生，引起学潮，共党正籍之掀起反美运动，京沪杭各地学生受其蛊惑，日来亦有进行示威之举，其标语传单诬蔑政府、侮辱美军及中伤中美感情，正无所不用其极也。”同日上午，召见前北大代理校长、中央研究院历史语言研究所所长傅斯年，“对此不幸事件有所垂询。”下午，美驻华大使司徒雷登“谒蒋主席，谈话集中于北平美军强奸女生事件，”在谈话中，“因听闻美军驻华北陆战队当局在从中国方面获取所谓北平强奸案的有关调查情况时遇到了困难，我亲自将此事告知了委员长，他马上下令北平地方当局加速调查并使陆战队可以即时获得调查的一切有关情况。”随后，又“往视马歇尔特使疾，并谈及学生对美军示威事。”

1月3日，“晚课后，接见美国海军陆战队何华德司令，何氏盖应马歇尔特使电召，来京就北平美兵肇事案有所报告，并晋谒公陈达华北美军现状也。”

1月4日上午，蒋介石再次召见外交部长王世杰、教育部长朱家骅，“查询处理学潮办法，因共党……掀起之各地学潮尚未戢止，当经决定处理原则：一、对共党扰乱我后方社会，应指明其叛国害民之罪恶；二、中美国交与关系，不能以美兵个人罪行，而妨碍破坏；3、统一我内部之言论与行动。”

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