天花俗称“痘疹”，是一种死亡率较高的传染病。在古医书中，痘科与针灸、大方等科目并列，可见其普遍性。然而直到清初，医界对于痘疹也尚无有效举措，据《医学源流论》：“今天下之医法失传者，莫如痘疹。”于是往往只能采取“隔离”之法。

康熙十七年，皇太子胤礽出痘痊愈恩诏

清天聪八年（1634年），东北痘疫频发，当明将尚可喜率部来投时，却吃了皇太极的“闭门羹”，其原因便在于恐惧痘疫。据《清初内国史院满文档案译编》：“东北痘疫，太宗于十日至避痘所。”据学者考证，皇太极的“避痘所”位于沈阳故宫西北，称“御花园”，取“抵御天花”之意。

皇太极谈“痘”色变，常因一点风吹草动就躲进“御花园”，错过不少国事。例如在崇德三年的元旦朝贺上，皇太极“只命已出痘之王、贝勒设宴”（引《沈阳状启》）；五年，科尔沁额驸携公主还国，正值痘疫，皇太极“令皇后、诸王等送至避痘所，设宴饯之”（引《清太宗实录》）；七年冬，盛京再次疫发，皇太极“以国中方避痘”唯由（引《清太宗实录》），取消了自己的万寿大典。

古人在经验中发现，凡痘患痊愈者既能终身免疫，这类人便称为“熟身”，“熟身”会在脸上留有“痘瘢”，俗称“麻子”。而未患痘疹者被称“生身”，故“生身”极易感染，唯自求多福。皇太极派“已出痘”之人宴客，便是让在场外宾放心。

在战场上，皇太极也会选择“吉日”出征。据《清史稿》，在天聪六年夏四月，皇太极“率大军西发，次辽河”征讨林丹汗，后来林丹汗也因痘疫暴毙；崇德元年五月，皇太极令“武英郡王阿济格等率师征明”；还有崇德七年夏四月，“多尔衮、豪格等奏克塔山。”从以上战役可知，清军往往会在夏、秋出兵，尽可能避开痘疫肆虐的冬季。此外，每攻克一处城池，皇太极也令“贝勒诸将已痘者驻守，未痘者从上还都。”

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