与对马岛和壹岐岛不同,九州并非孤悬海外的小岛,如果九州被占,那么整个南日本都将沦为地狱。此刻面对蒙古人的兵锋,骁勇的日本武士纷纷赶赴九州,截止蒙军登陆博多湾之时,主管九州防务的太宰府已经聚集了十余万人。尽管从数量上讲,日本占尽优势,但长期的与世隔绝却导致日本武士极度僵化。蒙古人登陆之后兵分三路,每一路都以射手为骨干安排在部队后方,前面则是汉人和高丽人组成步兵队列。习惯于阵前自报姓名的日本武士以为这和他们在国内的战争并无两样,因而打马向前陈述自己光荣的族谱,但对面的蒙古射手却不会给他说完的机会,首度接战之后,日方损失惨重。
不过日本的优势是主场作战,资源供给远强于漂洋过海而来的对手,而元军在接连不断的消耗当中渐感后勤不继,尤其是箭支的损耗更为严重。到10月20日为止,距离大军出发已经半月有余,但元军却始终无法突入九州腹地,也就无法补充武器和粮食。就在忻都犹豫要不要班师回朝的时候,一场更大的灾难忽然间不期而遇,没错,就是台风。入夜之后,强烈的台风对舰队进行了毁灭性打击,无数船只因此而沉没,这下元军只剩下一个选择:逃跑。
第二天早晨,当日本人试图再次发动攻击时,蒙古人早已不见踪影,于是第一次元日战争就此不了了之。