甲午战争是近代日本经历的第一场大规模对外战争，清军战俘也是其第一次面对处理大批外国战俘事务的问题，其主要办法参照了欧洲国家的先例。中国战俘在日本主要是处于羁押地位，没有被投入苦役活动，不过日方经常性押送战俘外出进行侮辱性的游行示众。羁押期间，日方不断提审中国战俘，以图获取有关中国国内政治以及各支军队的情报。另外日方还以被俘的中国官兵作为人种范例，经常性进行各类医学测量活动。1894年出版的日本战时刊物《日清战争实记》上，就曾以“日清两国兵体格的比较”为题，刊载过这类测量结果。在对待俘虏的日常生活供应上，日本军方和民政部门一度互相推诿，都不愿投入过多资金，使得战俘的饮食、服装供应极为低劣。

除了这些在日本的清军战俘外，1895年初，中国东北战场上接连发生了海城、牛庄等战役，也有很多中国官兵被俘。此时日方已经失去了最初得到战俘时急于炫耀战功的心情，反而视战俘为累赘，这些后期的清军战俘则被就地关押在辽宁海城，各项生活条件比之在日本的难友更为恶劣。

1895年春，随着《马关条约》的签订，甲午战争以中国的失败告终。大战终止时，两国议及战俘交换问题，经过多次谈判，最终在当年的夏季完成交接。

8月18日，关押在日本的清军战俘最先被放回。当天早晨6点30分，满载中国战俘的日本商船“丰桥丸”抵达天津大沽口外。中国交接委员、大沽炮台守将罗荣光派遣炮舰“镇海”号前往迎接，将放回的战俘976人从“丰桥丸”接驳送回天津。

1895年8月26日，关押在海城的清军俘虏568人在城外的甘泉堡被移交给中方代表辽阳州知州徐庆璋，同时被中国俘虏的11名日军士兵交还给日方。

中国战俘刚刚脱离牢笼，很快受到了自己祖国的责罚。按照俘虏不祥的传统观念，饱经折磨重归故土的战俘中，士兵一律就地解散，军官则革除所有官职后遣散。被放回的“操江”舰舰长王永发曾经上书为病死在日本的部下请求抚恤，结果招致清廷严辞责骂。在平壤因伤被俘的军官谭清远等，不仅被革职，还被追究被俘的罪责。这些曾为国家付出了鲜血的“不祥之人”很快便从档案中消失。