与“太子”积怨太深

吴国桢与“太子”蒋经国的矛盾并非始自台湾，而是源自上海。

1948年8月，为了整肃经济，蒋介石派蒋经国以上海区经济管制督导员的身份赴上海稳定物价。蒋经国一到上海就摆出了要大干一番的架势，信誓旦旦地表示这次到上海专打“老虎”，不打“苍蝇”。在之后的调查整顿中，蒋经国也确实没手软，一下子就抓捕了64只“老虎”，这里面包括“面纱大王”荣鸿元，“证券太保”经纪人杜维屏，华侨大商王春哲等等。

蒋经国在上海“打虎”，其整顿经济的初衷没有错，但他独断专行的处事风格却让上海市长吴国桢十分不满。作为“钦差大臣”，蒋经国在“打虎”时要抓谁就抓谁，抓完了再去找证据，要杀谁也是他说了算，完全无视上海市政府的存在。

这种铁腕式的高压手段，吴国桢认为根本就无助于解决经济问题，他亲赴南京面谏蒋介石直陈利弊，却未被采纳。两个月后，蒋经国在上海失败而归，于是把这笔帐算在了吴国桢头上，认为失败是吴国桢不合作的结果。

国民政府迁台之后，蒋经国就任“国防部总政治部主任”一职，奉父命独揽了整个台湾岛的安全、情报与特务系统大权，大搞“防谍肃奸”运动。相当长的一段时间内，台湾民众的人身自由受到极大限制，生活在严密的监控之下，电话被窃听，信件被拆看，书刊要检查，言语中稍有不慎，就会被扣上“通匪”的帽子。

深受西方民主思想影响的吴国桢难以容忍蒋经国这种专横做派，经常以“省主席”身份进行干涉。1952年，台湾火柴公司总经理王哲甫因被指控与共产党有过交往而遭台湾省保安司令部逮捕。吴国桢认为证据不足，以保安司令部司令的身份要求释放王哲甫，结果遭到蒋经国的拒绝。