吴国桢忍无可忍，就向蒋介石建议：要求“禁止随意抓人，逮捕后14天，一定要释放，或起诉。所有刑事案件，除了那些涉及共产党和间谍活动案，都应交民事法庭审判，而不是交军法审判；即使是军法审判的案件，也应该允许被告有辩护律师。”蒋介石没有采纳吴的建议。

此后不久，基隆市参议会开会选举议长那天，又有两个议员突然失踪，吴国桢经过查询才知道两位议员被特务囚禁在某旅馆内。吴国桢要求蒋经国开除两名参与绑架议员的特务，但遭到蒋经国的抵制。

吴国桢再次向蒋介石进言：“总统要培植经国兄，就不该派他主管特务，因为这种工作，越权干政，并且妨害人民生活与言论自由，易成为人们仇恨的焦点，是爱之适足以害之也。”很显然，吴国桢高估了蒋介石对他的信任，当他发现“蒋先生爱权之心胜于爱国，爱子之心胜于爱民时，已噬脐莫及”。

此外，吴国桢与蒋经国的矛盾还表现在政府经费上。对于蒋经国所主持的“政治部”，“救国团”等预算外的额外要求，吴国桢往往不客气地予以婉拒。吴国桢自己也很清楚，他与蒋经国的关系已经坏到无法弥补，吴国桢曾对《自由中国》杂志社长雷震说：“我只是采用消极行动，不发给经费，所以蒋经国恨死我了”。

其实岂止蒋经国，蒋介石也早就对吴国桢的不停进言反感异常，只是由于台湾初建，需要吴国桢联系美援。随着美国援助的稳定，吴国桢对蒋介石的重要作用已然不大。所以当吴国桢与蒋经国水火不容之时，蒋介石甚至产生过除掉吴国桢的念头。

台湾不能再待了

1952年，蒋介石为过65岁生日，邀请吴国桢夫妇到台北郊外草山吃晚饭，并留宿。第二天，吴氏夫妇下山时却找不到来时开车的司机，只好由蒋介石又派了一名司机。开车不久，吴国桢夫人就感到腹部不适，停车去找方便之处。待夫妇二人方便后回到停车处，发现司机脸色刷白。原来汽车的四个轮子中有三个的固定螺栓都已被人拧掉，要不是吴夫人腹泻，一旦汽车开始快速下山，车轮必然飞脱，吴氏夫妇必死于“车祸”。