死里逃生的吴国桢终于醒悟：如今美援稳定，自己拉关系的使命已经结束，蒋介石要“卸磨杀驴”，台湾已经不能再待下去了。1953年4月，吴国桢向蒋介石请辞台湾省主席一职，很快辞职被批准。5月，吴国桢以到美国进行学术交流为名，携全家赴美，但年近八旬的老父和次子吴修潢却不准同行，留在台湾做了“人质”。
初到美国的吴国桢，一下没了生活来源，只能靠给《芝加哥论坛报》当远东顾问，或是在大学作巡回演讲赚些家用。由于顾及老父和次子的安全，吴国桢一直谨言慎行，演讲时不会为了报酬而透露一些难以公开的隐情，从没说过半句对蒋氏父子的不满之词。但这一切很快就由于从台湾岛内传来的吴国桢任职期间贪污的谣言改变了。
与蒋介石隔洋对骂
1953年11月，“总统府秘书长”王世杰突然被蒋介石免职，罪名是“蒙混舞弊，不尽职守”，同时蒋指责王世杰曾私下批准吴国桢套汇12万美元。这就是说在美国的吴国桢属于携款私逃。
消息传到美国，让吴国桢深感委屈。1954年1月初，吴国桢致信国民党中央党部秘书长张其昀，请将信函转蒋介石，要求“对外界所传，彻底查明公布真相”。信发出多日却未见回音。无奈之下，吴国桢只好又写《辟谣启事》寄给台湾的父亲，嘱其以广告方式刊登。
广告中说：“查桢此次来美，曾经由‘行政院’陈院长批准，以私人所有台币向台湾银行购买美金五千元，作为旅费，此外并未由政府或政府中之任何人员批准拨给分文公款……桢为国服务二十余年，平生自爱，未曾贪污，在此国难当头之际，若尚存心混水摸鱼盗取公带，实将自觉不侪于人类。”
信中的言语并无对蒋氏父子的攻击，但吴父奔走数日，却没有一家报纸敢于刊登，直到2月7日才获得蒋介石的同意发表。但就在同一天，由于一直等不到台湾方面的任何辟谣说明，深感含冤莫白的吴国桢，先后在芝加哥WNC电视台和CBS全国广播电视网发表谈话，声明自己辞职来美是因为与蒋介石“政见不同”，而所谓的携款私逃完全是政敌的污蔑行为。
