1999年的7月9号，李登辉接受“德国之声”访问，德国记者提问的时候李登辉“脱口而出”，他说两岸关系就是所谓的特殊的“国与国”之间的关系。他这一套“两国论”的谬论公开宣读之后，引起了极大的震动，尤其是大陆方面对李登辉“两国论”的谬论可以说是非常的震惊。

大陆方面提出了严厉的批判，认为李登辉的这一套“两国论”，是蓄意分裂祖国分裂主权，是跟“台独”分子沆瀣一气，这样的说法是中国人无法容忍的。当时大陆最大的一个动作，就是停止一切的官方交流。本来在那一年汪道涵先生要来台湾跟辜振甫举行第二次会合会面，可是由于李登辉提出了“两国论”，也停止了这一个活动。

美国方面听了李登辉的所谓的“两国论”谬论之后也是觉得不可思议。但是美国倒不是因为李登辉的“台独”谬论，美国所在意的是李登辉你要提出一个新的论述之前，怎么没有跟我们美国事先打个招呼？！让我们措手不及。这是美国所不爽的。

国民党的内部也因此造成了严重的分裂。

当然跟着李登辉走的，还是跟他一鼻孔出气，连战后来接任主席之后，国民党才又回到“九二共识、一个中国”的道路上面。

其实“两国论”对台湾最大的一个不好的事情，就是它结束了国民党长期的一党独大。

国民党在台湾从1949年一直到2000年这一段时间，虽然在李登辉执政的十二三年的时间里进入跌宕起伏的波动时期，可是前面的四十年可以说是台湾政治、经济、文化各方面稳定发展的时期，一党独大对台湾的发展是非常有利的。

可是李登辉的政治野心，他就是要完成他自己的一个“台独”春梦，他自己要独揽台湾的一个政权，所以李登辉的野心也造成了国民党的裂解，同时也造成台湾长期的动荡。

所以“两国论”可以说是台湾动荡的一个主要根源。