朱慈焕因此成家立业，在岳父去世之后，以教书为业。虽然来历不凡，但朱慈焕自己也知道自己身份尴尬，恐为祸端。

所以一直隐瞒自己的身份，与妻子平平淡淡的生活。朝廷一有风吹草动，就主动避开，多年来搬家无数次。他的谨慎，使得他活到终老，生了三子两女，儿孙满堂。

不过人都有倾诉的欲望，有一次憋的狠了，朱慈焕就在小醉之时将自己的身份告诉给了老友。世上没有不透风的墙，这一次松口终于给他惹来了杀身之祸。

康熙四十五年，一位叫念一的和尚打着朱三太子的名号，从事反清复明的活动。朱慈焕虽然主动避开，却到底在康熙四十八年被朝廷官兵抓到。

官员审问朱慈焕之时，将他与念一和尚对峙，两人皆不相识。而朱慈焕主动辩解说：“吾数十年来改易姓名，冀避祸耳……吾今年七十五岁，血气已衰，须发皆白，乃不反于三晋变乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招军买马，打造盔甲，吾曾有一于此乎？”

官员知道朱慈焕无辜，又想到康熙帝曾说：“朕意欲访察明代后裔，授以职衔，俾其世守祀事。”以为朱慈焕无事，以后可能还会做官，对他十分礼待。

却不想康熙帝直接一道命令，将朱慈焕一家斩首灭口。“朱三即王士元，著凌迟处死。伊子俱着立斩。”

朱慈焕活到76岁，原本以为可以安稳一生，却不料最后还是因为身份满门惨死。而朱慈焕去世后，崇祯帝自此绝后。