秦医是在长期行医中逐渐形成的医疗实践科学，而且已经形成了一定的医学理论。当时的秦医已经初步认识了人体的生理结构，如扁鹊总结的“望（看气色）、闻（听声音）、问（问病情）、切（按脉搏）”四诊法，直到今天，中医看病仍然运用着这四种方法。扁鹊在诊疗中已经有了初步的经络概念，把人体看作一个由经络互相联系的整体，以阴阳代表人体内部对立统一的两个方面，根据阴阳两个方面的不同变化和互相转化进行辨证施治。这种思想包含朴素的辩证法因素，代表了中医学最基本的特点。

春秋战国以前，我国为“巫医结合”时期。此后，随着医学逐渐崛起，发展形成了一门有中国地域特色和理论体系的传统中医学。扁鹊提出了“六不治”原则，将“信巫不信医”作为重要的“不治”内容，从而把医学从巫术中分离出来，使之成为一门科学，对推动医学发展具有重要意义。《云梦秦简•封诊式》中记载了不少案例，其中也有医案的几个例子。“经死爰书”和“某令史爰书”中记载了其中尸检的程序，这是法医史上的珍贵资料。“出子爰书”中记载了有关妇科医检的情况和程序。“疠爰书”中详细记载了麻风病的一些症状及诊断记录，这些都是比较特殊的医案。其中“疠爰书”中记载了我国历史上最早的麻风病病例，秦人医丁也成为迄今所见最早能对麻风病作出诊断的医生。

秦医的医学理论是经过大量临床医学积累而形成的，是秦人医学发展成熟的标志。其中的医学思想和理论如关于生理和病理的解释、关于养生的原理等对后代医学的发展具有重要的启蒙作用，有些理论对今天的人们仍具有指导意义。