像这样的头骨坑在外城东门附近目前发现5个，但坑中的头骨数量从7到24个不等。头骨的主人多为年轻女性，部分头骨还留有明显的砍斩痕迹，有的枕骨和下颌部位还有灼烧过的迹象。据分析，这两处集中发现的头骨坑可能与城墙修建时的奠基活动或祭祀活动有关，砍掉年轻女性的头，放置在城墙下，用来祈愿或祭神。这些迹象从侧面反映了处在文明前夜的先祖所具有的思维方式，在粗暴凶残的仪式背后，社会关系的复杂化、原始文化的早期形态也依稀可辨。
在2012年发掘的一个土坑墓中，发现一具年轻女性的尸骨，在墓主位置的东南侧，应是殉人。由于该墓早年被盗，墓主情况不明。这具尸骨发掘出来的时候仍保持当时下葬时的姿态，侧身面向主人，身体弯曲，呈卑躬屈膝状。
不管是被集中砍头奠基的头骨，还是卑躬屈膝的尸体，都可以看出，当时已经有了明显的尊卑贵贱之分，社会关系趋向复杂，奴隶社会早期的雏形可见一斑。而这些遗迹也为研究新石器晚期至夏时期的社会结构，提供了鲜活的佐证和丰富的材料。
现在，石峁遗址的发掘、研究还在进行中，更多线索将会被连接起来，更多谜团会被揭晓
