随着荷兰人殖民扩张的加剧，在台湾岛的荷兰兵人数，也直线上涨。到了到了明朝崇祯九年（1635年），荷兰人在台湾的兵力增加到了四百七十五人，人多了，荷兰人也胆大了，之后，就是长达八年的对台湾岛高山族同胞的血腥征服。先是当年被荷兰人“杀鸡儆猴”的麻豆社，被荷兰人强行烧掉了所有的房屋，大肆杀戮，外加荷兰人带来了当时欧洲流行的天花病，导致当地瘟疫横行，三千多麻豆社居民，仅死于瘟疫的就有三百多人，这还是来自荷兰人的统计，显然是缩了水的。在荷兰人的重压之下，麻豆社被迫同荷兰人签订契约，宣誓效忠。

比起另一个高山族部落----小琉球岛的遭遇，麻豆社的同胞还算是幸福的。崇祯十年春（1636年），荷兰人对小琉球群岛发动了大规模进攻，为了继续“杀鸡给猴看”，他们居然在当地搞起了种族屠杀。1200名小琉球群岛居民，死于战火和屠杀的有四百多人，另有一百多青壮年被荷兰人选拔出来，分批卖到东南亚做奴隶。部落的所有女人，则分配给士兵做“礼物”。整个小琉球岛几乎灭族。此举之酷烈，甚至惊动了荷兰东印度公司总部。巴达维亚东印度公司十七人董事会经过投票发表声名，认定这种做法“不是很妥当”。

当然，所谓“不是很妥当”，也就是随便说说，“不妥当”的事，该做还是做。比如荷兰人之所以对一些部落并不赶尽杀绝，而是和他们签订契约，建立统治，其中的目的之一，就是为了方便可以强征他们的兵马，再去征服别的部落，既省力气，还能挑动各部落间的仇恨，可谓一举多得。从崇祯九年（1635年）到崇祯十七年（1644年），荷兰人用烧毁部落粮食房屋，强迫签订契约等方法，陆续征服了台南各主要高山族部落。在荷兰人的《热兰遮城日志》里，只要涉及到高山族部落，满篇都是“不妥当”的事，比如在记录荷兰人对虎尾龚社的征服时，荷兰人用细致的笔墨，描绘了他们三次扫荡虎尾龚社村落的全过程，每次都是很缺德的在秋收之后动手，将该村落过冬的粮食，房屋全部烧毁，从明朝崇祯九年（1635年）至明朝崇祯十五年（1641年）连续干了三回，要的就是让这些村民在入冬时节吃不上饭，也没地方住。荷兰人在《热兰遮日志》里详细的记录了这些躲避杀戮的高山族同胞，在回村后面对惨景，集体失声痛哭的景象，然而很得意洋洋的说“他们终于明白拒绝文明开化的后果。”欧洲殖民主义者的冷血心肠，在字里行间若隐若现。