有人认为焚死说是不可靠的。主要理由有两点：一是《明实录》是明朝人自己编的，而且明成祖本来就是犯上篡位之人，为了给自己打掩护，所以对明实录篡改太多，不足为信。二是说朱棣以礼安葬了建文帝，那么自然是天子之礼。而天子之礼非常隆重，黄陵自然会在南京的明孝陵中，但是南京的明孝陵却没有建文帝的陵寝。显然这个焚死说是不可靠的。当然会有人为了自圆其说，说建文帝安葬的时候“不封不树”，在安葬的时候如果没有封土也没树立石碑，那还安葬什么?因此认为焚死说是不可靠的。

这个是朱棣最希望的结果，这样不仅可以平息江南未被收付地区军队、百姓的服从之心，而且也绝了后患，以防建文帝东山再起，要知道朱棣即使攻进南京，除南京外的广大地区并未归顺。

二.鬼门出亡后归来说。

城破，大家在大殿内慌作一团，翰林院编修程济说，不如出走流亡。少监王钺跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一个宝匣，并且交代说，如有大难，可以打开。众人一起赶到奉先殿左侧，打开这个红色宝匣，但见里面有度牒三张，分别写着“应文”、“应能”、“应贤”，里面还有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及银元宝十锭。第一张“应文”度牒写着：“应文从鬼门出，其余人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合。”程济立即为皇上剃去头发，换上袈裟、僧帽、僧鞋。吴王教授杨应能表示愿意剃度，随帝流亡;监察御史叶希贤毅然说，臣名贤，无疑就是“应贤”，也剃度改装随从。当时在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要随从流亡。建文帝说，这么多人一起行动，势必引起怀疑，决定由九人陪他前往鬼门，在神乐观乘船至太平门。少顷，杨应能、叶希贤等十三人赶来。一行二十二人开始了流亡生涯。建文帝交代，今后互相以师弟称呼，不必拘泥君臣之礼。