元朝虽然灭亡，但是元朝残余势力逃入大漠，对明朝依然有很大的威胁。宋朝重文轻武以至于丢了天下，朱元璋吸取教训，将宗室子弟二十多人封为藩王驻守各地，以抵御外敌、巩固明朝的统治。但是藩王的势力越来越大，对朝廷统治造成威胁。在朱元璋去世后，即位的建文帝朱允炆决定通过削藩来加强统治，激化了皇族内部的矛盾。1399年，驻守北平的燕王朱棣，以清君侧为名起兵，史称“靖难之役”。朱棣一直跟随朱元璋南征北战，颇有军事才能，在排兵布阵、调兵遣将方面，建文帝不是完全不是他的对手。靖难军沿河北、山东一路南下，势如破竹，1402年6月攻至应天，应天守卫投降，建文帝不知下落，朱棣即位，为明成祖。

三、土木堡之变

明朝灭元以后，北元残余势力逃往漠北，过着漂泊不定的游牧生活，虽然明军多次深入大漠追剿，但始终无法彻底将其攻灭。明朝只好重修长城进行防御，明长城西起嘉峪关、东至山海关，全长6000多公里，对防御北方游牧势力侵入起到了重要的作用。

虽然长城沿线地势险要，又有关城、烽火台等防御设施，但毕竟防御范围太大了，游牧势力依然时不时地破长城而入，进行劫掠。明英宗朱祁镇即位后，北方的蒙古瓦剌部势力越来越强大，对中原构成严重的威胁。1449年，瓦剌首领也先率军南下进攻明朝，直逼大同。

明英宗在宦官王振的蛊惑下，不顾群臣反对，一意亲征。结果在土木堡被瓦剌大军包围，明军全线崩溃，英宗被俘，数十名随军大臣战死，此战史称“土木之变”。瓦剌也先挟明英宗进攻京师，于谦挺身而出力挽狂澜，击退瓦剌军，守住了京师。不过，土木堡之变明军损失惨重，明朝的虚弱毕现，开始走下坡路。从远的来说，日后建州女真的崛起，取代明朝，未必不可以说是在土木堡之变埋下了祸根。