因为妹妹的这层关系，年羹尧和雍正的关系自然大不一般，他在官场上也是一帆风顺，他先做四川巡抚、后升为四川总督，康熙六十年（1721年）又做上了川陕总督。康熙死后，雍正命他与接替抚远大将军胤禵的延信共同执掌西北军务。由此，年羹尧和隆科多成为雍正即位后的左膀右臂，备受恩宠。

雍正元年（1723年）十月，青海和硕特蒙古部首领罗卜藏丹津趁抚远大将军胤禵回京之际发动叛乱，妄图控制青藏地区，使得本已经平静的西北局势再起波澜。罗卜藏丹津的叛乱，对于刚刚上位的雍正是个不小的考验。当然，雍正也可以像大多数建国者一样，利用这个机会把当时对他篡位的质疑给转移过去。于是雍正便命年羹尧接任抚远大将军坐镇西宁，指挥平叛，许胜不许败，以帮助他稳固皇位。

年羹尧也算争气。经过充分的作战准备，在雍正二年（1724年）初，年羹尧下令诸将“分道深入，捣其巢穴”。在短短的半个月内，各路大军跃进千里，将叛军打得落花流水，稀里哗啦。特别是四川提督岳钟琪（当时雍正封其为奋威将军）更是表现神勇，他率军一路狂追，直捣敌穴，匪首罗卜藏丹津仓皇之下，化装成女人才得以逃脱。最后，罗卜藏丹津领着两百多残兵败将投奔了准葛尔部的策妄阿拉布坦，从此一蹶不振。

由此，“年大将军”之威名，大江南北，人尽皆知。

对于年羹尧的功劳（不仅仅是战功，关键还是对雍正初期稳固其皇位的贡献），雍正是看在眼里的。他曾极为肉麻的对年羹尧说：“朕实不知如何疼你，方有颜对天地神明也。西宁危急之时，即一折一字恐朕心烦惊骇，委屈设法，间以闲字，尔此等用心爱我处，朕皆体得。总之你待朕之意，朕全晓得就是矣。所以你此一番心，感邀上苍，如是应朕，方知我君臣非泛泛无因而来者也，朕实庆幸之至。”