曾经的文坛领袖，如今却沦为“犬鸡”，这令人们无法接受，可是，苏轼的苦难却刚刚开始。在御史台的监狱当中，苏轼被连番审讯，审讯人员将他“有问题”的诗文全部列举出来，问他其中是否蕴含讥讽的内容和含义。更加阴狠的是，这些诗文大多都与苏轼的好友王诜，李清臣、司马光、黄庭坚等人有关系。

这样一看，御史台的目的昭然若揭，他们是想借这个机会，将旧派的势力一网打尽，至少也要杀一杀司马光等人的锐气，至于苏轼，他们则想将他置于死地。

可是，御史台的证据却少得可怜，他们的所谓“供状”，大多都是构陷，且十分牵强附会，比如监察御史行舒亶根据《元丰续添苏子瞻学士钱塘集》上奏弹劾说：“至于包藏祸心，怨望其上，讪渎谩骂，而无复人臣之节者，未有如轼也。盖陛下发钱(指青苗钱)以本业贫民，则曰‘赢得儿童语音好，一年强半在城中’;陛下明法以课试郡吏，则曰‘读书万卷不读律，致君尧舜知无术’;陛下兴水利，则曰‘东海若知明主意，应教斥卤(盐碱地)变桑田’;陛下谨盐禁，则曰‘岂是闻韶解忘味，尔来三月食无盐’;其他触物即事，应口所言，无一不以讥谤为主。”

仔细一看，就可以发现御史台的弹劾很多都是捕风捉影，解释也十分牵强附会，但是这又如何，当他们想要说苏轼的诗文是在讥讽朝政的时候，关在监牢里的苏轼，又能如何辩解呢?更何况，神宗对苏轼，真的起了杀心。

然而，苏轼并非孤立无援，乌台诗案可谓举国震动，不少人都出面营救苏轼。当神宗依旧犹豫不决时，宰相吴充对他说：“陛下以尧、舜为法，薄魏武固宜。然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下不能容一苏轼何也?”曹太后也替苏轼说话：“昔仁宗策贤良，归喜曰：‘吾今又为子孙得太平宰相两人。’盖轼、辙也。今杀之可乎?”就连已经退居金陵，曾为苏轼政敌的王安石也上书神宗说：“安有圣世而杀才士者乎?”(《宋史》)章惇等人亦出面力挽。由于苏轼很得民心，他下狱受审以后，远在湖州、杭州的老百姓也天天为他焚香念佛，祈祷平安。