清代的地方最高长官是总督和巡抚，一般情况下总督时常兼兵部尚书和都察院右都御史衔，而巡抚兼兵部侍郎和都察院右副都御史衔，很明显，不管从那个层面上讲，总督都要高出巡抚一级。那么巡抚是不是在总督面前就要矮上一头呢？
督抚是封疆大吏，对属员负有监督责任。当然，督抚作为地方最高长官，也必须注意以身作则，他们的行为对于属下各级官员都有表率和示范作用，对于中央政令的贯彻有着关键意义。因此，对于他们本身的监察就更为重要了。
不过，到了这个级别，还能监督他们的并不多，为了防止督抚们都变成无人敢管没人能管的土皇帝，法律规定他们必须互相监督互相纠参，否则就以私罪论处。凡是总督和巡抚中有一人贪污而另一人不加以参劾的，一旦发现都要按照私罪给予降三级调用的处分，而布政使、按察使因为没有能力监督他们，可以免罪。
尽管规定是这样的，但事实上，督抚关系常常非常微妙。理论上来说巡抚不隶属总督，而且也都有专折奏事权，但是由于巡抚比总督低一级，对总督的弹劾往往还是有以下犯上的嫌疑，特别是督抚同城的情况下总督事实上掌控全省，巡抚则有些无所适从，因而很少有巡抚真正敢于参劾总督。
乾隆时期云南巡抚郭一裕参劾云贵总督恒文在向民间采购黄金时压低金价中饱私囊，在朝野引起轩然大波，乾隆也被震惊，后来经过刑部尚书刘统勋对案情的调查，恒文被定罪赐死，郭一裕虽然自己也有贪污情事，但因为举报有功，从轻发落革职发往西北效力。
咸丰时期湖北巡抚曾国荃参劾湖广总督官文，也是朝野震动，一度被认为是新兴的汉官势力对满洲贵族势力的挑战，最后也是不了了之。而曾经以广东巡抚身份参劾两广总督毛鸿宾的郭嵩焘则对曾国荃说：“二百年督抚同城之大患，发其覆者，惟公与我两人”，可见这类事件之罕见。
