最后他的计划自然是受到了加泰罗尼亚人的强烈反弹，在其执政的最后几年，加泰罗尼亚的起义爆发了。正常情况下，加泰罗尼亚人的反抗很快就会被压制住，但此时恰逢三十年战争时期，西班牙人正在和法国人死掐。加泰罗尼亚人选择了投奔法国，换取独立和自由。在1641年1月17日，总理事会宣布加泰罗尼亚共和国受到法国的保护，作为交换条件，法国军队能够在战争期间自由穿过加泰罗尼亚地区攻击西班牙人。战争持续了11年，最后法国和西班牙人签署条约，加泰罗尼亚的大部分地区重归西班牙所有，但是康福特、瓦莱斯皮尔、卡普希尔和赛丹尼亚等地区却归属了法国。事后加泰罗尼亚的自治权削弱，这也为下一场战争埋下了隐患。⑤
1700年西班牙的哈布斯堡王朝的最后一位国王卡洛斯二世去世，没有子女后代，群臣胁迫卡洛斯二世在遗嘱里传位于其姐和法国国王路易十四的次孙菲利普（FelipedeAnjou）。这立刻引来奥地利的哈布斯堡王朝不满，认为应由奥地利哈布斯堡王朝的查理大公爵（即后来的皇帝查理六世）继承西班牙王位。因此，和当时反对法国王室入主西班牙王位的英国、荷兰、葡萄牙、神圣罗马帝国等结盟，与支持法国王室的西班牙、巴伐利亚等宣战，西班牙王位继承战争因此而起。
加泰罗尼亚起义者杀死王室官员
在西班牙王位继承战争初期，加泰罗尼亚地区向法国的菲利普宣誓效忠，但是，后来因为奥地利哈布斯堡王室给的条件比较优惠，转而加入奥地利哈布斯堡王室的阵营，反对法国的菲利普入主西班牙王位。
这个西班牙王位继承战争打了十几年，后来1713年英国与法国签订乌得勒支和约，1714年法国又与奥地利签订拉什塔特和约，唯加泰罗尼亚地区对和约丝毫不知情，因此孤军奋斗，对抗法国、西班牙联军，直到1714年9月11日，巴塞罗那城被攻陷为止，从此西班牙王位由哈布斯堡王朝转到法国波旁王朝手中，菲利普继位为菲利普五世。
加泰罗尼亚自1714年于西班牙王位继承战争大败后，菲利普五世废除了从15世纪以来享有的自治权，也禁止了当地的加泰罗尼亚语。此后几百年的时间里，加泰罗尼亚人算是进入了“黑暗时代”，法国人虽然在拿破仑战争时期帮助他们短暂地恢复了官方语言，但是并没有给予其真正的自由。加泰罗尼亚真正的曙光还不到时候。
1812年的法国地图，其将加泰罗尼亚列入了自己的领土
加泰罗尼亚成为内战牺牲品
在19世纪后半叶，加泰罗尼亚成为西班牙工业化的中心，同时也是地中海最大的纺织生产地。但是加泰罗尼亚不得不面对能源资源的严重短缺和西班牙国内市场的疲软。为鼓励产业扩张，西班牙建立了保护主义减少国内竞争的政策。这些政策有利于它的工业区得发展，这给了加泰罗尼亚和巴斯克地区机会。加泰罗尼亚借机再次获得了自治权。⑥
西班牙第二共和国就是在巴塞罗那建立的
