《冯玉祥日记》记载，此事令冯玉祥大为光火。一直称病，不参加北平举行的善后会议。后在李宗仁“顾全大局、忍辱负重”的调停劝说之下，才动身北上。而蒋介石自知亏待了冯，为安抚他的情绪，任命冯的部将孙良诚为山东省主席、何其巩为北平特别市市长。
据说，当阎锡山极力劝说蒋把平津分给他，蒋还非常犹豫。阎说：你看看谁没有吃过他的亏。蒋听闻此言，立刻下了决心。后来的历史学家解释，这是冯玉祥后来反蒋介石的重要原因之一。
北伐成功后，身任行政院副院长兼军政部部长的冯玉祥率先入都，其重要文武干部，也都带到了南京。原来，北中央为促成全国统一，对冯玉祥、阎锡山、李济琛、李宗仁等高级将领，分别给予专职。
此时，冯玉祥手握40万重兵，又是蒋介石的结拜大哥，前思后想觉得蒋介石不会亏待自己；而蒋介石此时也需要冯玉祥作出表率，造成两人结盟以压迫阎锡山、李宗仁等势力的目的。
但是，编遣会议在南京一召开，冯玉祥就意识到了蒋介石对他早有戒备之心。
当时，身任行政院副院长兼军政部部长的冯玉祥提出了“强壮者编，老弱者遣，有枪者编，无枪者遣”的方案，主张各集团军部队混合来编，军权归中央统一掌握，各军总司令均到中央供职。特别在自己的方案中提到，第一、第二集团军各编12师，第三、第四集团军各编8师人马。
结果阎锡山提出四大集团军各编11个师，另设立一个中央编遣区，也编11个师，归蒋介石掌握，这样，“拆散了冯蒋合作关系，最大程度地便宜了自己，也讨好了桂系”，这个方案得到蒋、阎、李的认可。
当时冯玉祥的第二集团军最强大，按这个方案，他首当其冲地成为“削藩”的对象。冯玉祥自然不会认可，最终编遣会议无疾而终。
难怪到了3月12日，人已经在河南的冯玉祥干脆给蒋介石发了一封请辞军政部长的电文：南京国民政府蒋主席钧鉴：窃以为军政部为全国军事行政最高机关，范围既大，指责尤重。玉祥猥以菲材，忝长斯职。……卒以才有所不逮，力有所不胜，精神体气，渐觉不支。……伏乞俯体微忱，准予开去军政部部长职位……
这又可看做是蒋冯分裂的重要原因。
1929年，桂系首先在武汉发难反蒋，蒋桂战争爆发。从3月24日、4月2日、4月3日、4月6日和4月10日蒋冯之间的电文可以得知，当时冯玉祥出动了13万大军到武胜关。
