傅斯年在朱家骅的坚持下，不顾鲁迅的坚决反对，坚持要把鲁迅“向来瞧不起”、“眼中钉”的顾颉刚，聘为中大教授，“办中国东方语言历史科学研究所，并谓鲁迅在彼为文科进行之障碍”。1927年4月初，听到顾可能要来风声的鲁迅，就在中大扬言：“鼻来我走”、“顾某若来，周某即去”、“他来我就去”；同时抱怨“傅拜帅而鼻为军师，阵势可想而知”，“先前竟想不到（傅）是这样人”。

顾颉刚心中有数，他能顶住鲁迅的强压，进入中山大学，幸亏“骝先先生（按：朱家骅字）及孟真相待之厚”。他向胡适老师报告，“来粤后，孟真强我为史学系主任”；也自嘲在厦大、中大“到处受排挤，精神上没有一天安宁”，“我真不知道前世作了什么孽，到今世来受几个绍兴小人的播弄”。

鲁迅不仅与顾颉刚的矛盾难以调和，更与朱家骅、傅斯年和中山大学校方的政见分歧日益扩大。1927年至1928年，国民党用暴风骤雨的手段血腥“清党”，“对国民党的不同态度（傅斯年赞同，而鲁迅反对）使他们逐渐疏远”。时任中山大学教授何思源回忆：“我曾见傅斯年与鲁迅吵闹，傅大哭大叫。”

继蒋介石在上海发动“四·一二”清党之后，留守广州的李济深、李福林等发动“四·一五”清党。4月15日，中大学生被捕数百人。下午，鲁迅以教务主任名义召开营救被捕学生的紧急会议，说：“我们应当像是学生的家长，要对学生负责。希望学校把他们保出来。”

坐在鲁迅对面的朱家骅反对：“学生被捕，是政府的事，我们不要与政府对立。”鲁迅反驳：“‘五四’运动时，学生被抓走，我们营救学生，甚至不惜发动全国罢工罢市，那时候朱家骅、傅斯年、何思源都参加过，我们都是‘五四’时候的人，都是‘北大派’，为什么现在成百成千的学生被抓走，我们不营救呢？”朱家骅继续坚持：“那是反对北洋军阀，现在是我们自己的天下，教育要有领导地进行。”