1941年，傅斯年因严重高血压症，在重庆中央医院住院，自己、友人都对病情不乐观，更不能动怒。顾颉刚前来探病慰问，这两个极其自负、极其倔强、极其急躁的“老板”，竟然在病房中，因争夺学者、人才而吵架，闹个不欢而散，关系更僵。

顾说气话，“非破坏北大不可”。傅也光火，你既然以破坏北大为目的，“今后不能不与之绝交”。6月18日，傅斯年还致函朱家骅，指责顾颉刚“近年负其名字之文，多出他人之手，编辑亦是人代为之”，“凡与颉刚共事，最后总是弄到焦头烂额”。

中研院首届院士提名

1943年8月22日，顾颉刚最信任的学生和助手赵贞信致函老师，谈及当年中山大学同人评论顾颉刚、傅斯年：“论居心之忠厚当推吾师，若任人之适当则吾师不如傅先生，以吾师每行煦煦之仁而傅先生则断制严厉而赏罚分明也。”

赵的个人之见，傅斯年、陈垣的问题在于，“彼数人皆量小、有私、好专”；顾颉刚的问题在于，“感情极易冲动，使所行之事未能恰当”，“既不能识人，又不能察势”，“小材大用，常材奇用”，“谦虚其外，倔强于中，恣情任性，直意孤行，致多方树敌，亲近解体”，“于爱之时，则任之必过，及其衰也，又恨之极甚”，“好大喜功之性情，今与昔同，故每立一业，创一事，必有一张许多人之名单，必有一个大而难成之计划”，最后这个计划又“打水漂”，被人讥笑。

一周之后，赵贞信又致函顾，感慨老师“颇受书生气之累，其得罪人之处，亦颇多意气用事”，“机权二字，吾师远不及冯芝生（按：冯友兰字）、傅孟真诸先生”。1943年9月7日，顾颉刚记下“良友之言，当铭座右”。

1946年12月16日，为庆祝次日的北大校庆和胡适生日，在南京的百余名教育界人士餐叙。傅斯年出席并致词，和顾颉刚握手时，不知有意还是无意，“摔转了头颈”。敏感而自尊的顾难以释怀，当晚10时在给续弦张静秋的家信最后，直呼其名痛斥：“傅斯年真不是东西”，“这个傲慢的人迟早要失败的，他失败之后必然又来趋奉我了”。