7月27日，周恩来在陈赓等人护送下，经九江秘密抵达南昌，当晚下榻在花园角2号的一处寓所，与先到南昌做起义准备工作的朱德会合。朱德按照上级指示，悉心绘制南昌市区地图，详细了解敌军兵力部署的情况。还与驻守在南昌的国民党第三、第九两个军的几个团长频繁接触，随时掌握敌情，成功掩护一些起义领导人抵达南昌。当朱德把所需的地理材料和军事资料放在桌上时，周恩来称赞朱德的心血没有白费，为党做了一件大好事！尤其南昌起义打响时，朱德还以设宴的名义，拖住了敌军两个团长及一个团副，更加有力地配合了南昌起义的战斗。

周恩来深知，军队中党的组织是极其秘密的，为保证战斗隐蔽性之目的，他进行了严密细致的部署，即便在起义的前两天，会场依然保持着高度警戒。7月30日下午2时左右，在百花洲畔一栋教学楼内的第十一军第二十四师师部，叶挺召集营长级以上军官开会，会场是临时布置的，远处有卫兵站岗警戒，任何闲人一律不许进去。同时，在子固路江西省圣公会的宏道中学和教堂内的第二十军指挥部，贺龙也召开团长级以上军官会议。而获悉南昌起义计划的团、营级军官，同样也严守机密。时任第十一军二十四师七十二团三营营长袁也烈后来回忆：“在我们这个营的军官中，副营长是国民党员，连长、指导员中有三个国民党员，排长中国民党员多于共产党员。这些国民党员虽然被认为是进步的，可能跟着共产党走，但对国民党军作战的坚决程度，尚待考验。特别是因为他们有许多黄埔同学在对方，有意无意地送个消息是很可能的。为了严守军事秘密，保证战斗的胜利，我便亲自去组织战前的准备工作。”

命令是隐蔽而逐级向下传达的，连级干部直到队伍出发前才接到战斗任务，当他们得知准备南昌起义这一惊天动地的消息后，大家仅剩下一件心事，就是盘算着何时把任务传达给排长、班长和战士。7月31日下午，时任南昌起义革命委员会警卫队班长的粟裕，才接到“擦拭武器、补充弹药、整装待发”的命令。天黑之后，战士全副武装在宿营地待命，坐在背包上私下嘀咕：要打仗了吧！跟谁打呢？是人家打我们，还是我们打人家呢？恰巧周恩来路过战士身旁，他停留了一会儿对大家说：“同志们，要准备打仗了，怕不怕？”大家齐答：“不怕！”周恩来接着说：“好！这次打仗，我们是有完全胜利把握的，你们准备接受光荣的任务吧！”至于非作战人员，则是在战斗打响之后才得知起义了，当时在军事参谋团工作的女兵胡毓秀回忆：“当天晚上，我和志元正在睡梦中，忽然听到四面炮声隆隆。直到天明，我们终于得到了令人欣喜欲狂的消息：‘我们的军队已经起义了！’”