事后中日双方通过外交和司法的途径进行了长达几个月的谈判，开始日方态度强硬，中方也不甘示弱，甚至在中方谈判者中有人提出“撤使绝交、以兵相胁”的主张，谈判最后延至1887年2月双方在英、德公使的调停下彼此让步才算达成协议：称这次冲突是语言不通，彼此误会，没有追究责任和是非，对死伤者各给抚恤：军官、警官的恤金每人6000元，水兵、警察恤金每人4500元。水兵因伤残废者每人2500元。由此核算日方共付恤款52500元，中方共付恤款15500元，此外长崎医院的医疗救护费2700元由日方支付。在交涉中李鸿章深信此事错在日本：“长崎之哄，发端甚微。初因小争，而倭遂潜谋报复，我兵不备，致陷机牙。观其未晚闭市，海岸藏艇，巡捕带刀，皆非向日所有，谓为挟嫌寻衅，彼复何辞？”是非曲直显然，中国“断无不坚持到底之理”，而“日人自知理短，断不敢再生事端，贻人口实”，通过据理力争总算为国人挽回了一点面子。
“长崎事件”虽然得以和平了结，但在日本当局的挑动下其民间的反华、仇华、排华的情绪却因此被煽动起来。日本朝野的军国主义思想越来越浓厚，当时深受刺激的日本海军由此出现一句流行话：“一定要打胜‘定远’。”在军国主义思想蛊惑之下，甚至连天真幼稚的小学儿童也开始玩起了打击中国军舰的游戏：即把孩子分成两组，一组扮成中国舰队，另一组扮成日本舰队，进行捕捉“定远”、“镇远”的战斗游戏。
李鸿章把北洋军舰送到日本修理本来就含有威慑的意图，却没想到竟如此深深地刺激了日本人的民族心理，日本朝野拼命发展海军的狂热情绪也由此被煽动起来。日方鉴于清朝军舰“定远”号、“镇远”号外观新颖，威力强大，深感力不从心，从此之后不断增加对海军的投入，加强舰队建设，务期超过中国。1887年3月天皇下令从内库拨款30万元作为海防补助费，全国的贵族和富豪无不为天皇资助海军建设的行为而感动也都竞相为海防捐款，至9月底捐款数就达到103.8万元，这些资金全被用作扩充海军军备。1888年和1890年日本又提出第七次和第八次海军扩张案，这两次扩张案共购买或建造了“千代田”号(2439吨)、“吉野”号(4160吨)、“秋津洲”号(3172吨)巡洋舰、“八重山”号(1584吨)通报舰。
