那些得到实权的地方将领们，根本不听朝廷的命令。史可法贵为大学士，但是也根本无法调动各路将领。各路将领就形成了一个个小集团，而且是与南明王朝完全分离的。在清朝军队南下的时候，江淮四镇和驻扎在武汉的左梦庚部，几乎都没有抵抗，先后投降了清朝。这完全是为了自己小集团的利益，而南明和自己没有多少关系。直到南明最后的几年，这个问题也没有完全解决。对军队缺乏控制力，是一个大问题。
其实还有第三个问题，那就是内斗。南明各个政权的内斗情况，一个比一个严重。几个派系相互内斗，而且是不亦乐乎。为了给对方制造麻烦，甚至可以背后拆台，最后选择投降清朝。从弘光政权一直到永历政权，始终存在内斗的问题。最后我们讲一下郑成功，郑成功在名义上是永历皇帝的部下。但实际上，永历皇帝根本指挥不动郑成功。郑成功和之前的江淮四镇一样，也是半独立的集团。唯一的差别就是，郑成功不愿意投降。
在宋朝历史上，有两次宋朝政府联合崛起的少数民族进行合作的战争，一是联金灭辽，一是联蒙灭金。这两次战争都灭了宋朝的敌国，但是盟国越来越强，结果也给宋朝带来了灭顶之灾。
