皇帝听完当场就赞赏他，于是马上下令汉人全部剃发易服，这就是“剃发令”的开始。清军所到之处十日内，以10日为限，“文武军民一概剃发如满族款式，不从者治以军法”。
孙之獬的这一奏折害死了数百万有骨气的人，他也激怒了满朝的汉人大臣，于是弹劾诬告他的奏折雪片般的来了，他也被再次发配回原籍平息群怒。回乡路上孙之獬遇到一支山东反清复明的义军，恶有恶报，他全家都被义军抓了起来。
孙之獬本人被五花大绑达十多天游街示众，群众痛恨他提议剃发令，于是在他光溜溜的头皮上用针戮满细洞，再用猪鬃替他重新“植发”，恨声不绝地骂道：我为汝种发！。
孙之獬自知众怒难犯，这次肯定过不去了，就破口大骂。
义军将其口缝上，凌迟而死，还把他在城中的孙子、曾孙杀了个干净。让孙之獬眼睁睁地看着四个孙子的死去。在这次事件中，孙之獬大儿子孙珀龄的三个儿子、二儿子孙琰龄的一个儿子被义军正法，孙琰龄的妻子和两个女儿被凌辱而死。
顾炎武听到汉奸孙之獬身亡的消息后，激动地写下了《淄川行》一诗：鼓逢逢，旗猎猎，淄川城下围三匝。围三匝，开城门，取汝一头谢元元。鲁迅先生后来也对其评论说：“满清杀尽了汉人的骨气廉耻。”孙之獬一家死的太惨，朝廷听说了以后觉得这样对以后投降的大臣也不好，于是在家乡给他修了墓园，却让他一身骂名留到后世。
