然而，粤军打回家乡后，战程显得停滞不前。孙中山立召蒋介石从上海急赴广东，协助陈炯明尽快收复广州。蒋日夜兼程，以许崇智部参谋长的身份奔赴前线指挥作战。此间许崇智因病请假，实际指挥战斗的就是蒋介石一人。蒋介石率领粤军与邓铿部形成合围之势，一举攻克惠州城，声威大震。广州桂军陷入重围之中，粤军几日时间即夺取东莞，直击广州东南。广州桂军见败局已定，岑春煊、陆荣廷等被宣布解除总裁职务，莫荣新带着残部逃出广州，桂系头面人物作鸟兽散。粤军乘胜进入广州。至此，广东全境收复。
11月10日孙中山在上海任命陈炯明为广东省长兼粤军总司令，主持军政。29日，孙中山携伍廷芳、唐绍仪到达广州，通电恢复南方军政府，广州再次成为武力统一中国的大本营。孙逐一安排人事，各路英豪皆弹冠相庆，皆大欢喜。但仍有一个人不高兴，他是谁？为什么闷闷不乐呢？这个人就是陈炯明。他一心想在广东保境息民，与邻省联防自保，反对再开战端。孙中山一直耐心说服和等待陈炯明转变，可陈炯明对再燃讨桂战火、武力护法不以为然。他对唐继尧说的：“中山只是一个大炮”。而孙中山在1921年元旦训诫时态度强硬，北伐统一中国无可选择。5月5日孙中山在广州就任非常大总统。
桂系首领陆荣廷丢掉广东后心有不甘，一心图谋卷土重来。孙中山于是下令对广西总攻击，派陈炯明为援桂军总司令。陈炳焜、莫荣新等闻讯逃走，粤军不战而获梧州。孙中山遂下令讨伐陆荣廷。粤军一路沿西江而上，乘胜占领浔州等多个城镇。陆荣廷通电下野，仓皇逃往越南，粤军搞定广西全境。随后，孙中山的北伐案获得国会通过，在广州举行北伐誓师典礼，决定由桂林出发直取湖南。在广西的陈炯明仍反对北伐。孙中山催促其赶快出兵，直接向湖南一线进发，陈回电说至少要半年时间的整训，部队才能再接战事。孙中山又急召蒋介石，蒋在旅途中草拟好了北伐作战计划书，一到桂林，就交给孙中山定夺。
就在此时，广州发生了一起谋杀案，孙中山最为青睐的军中先锋、38岁的粤军参谋长邓铿被刺。有人称主谋者为陈炯明族弟陈远生等人买凶所为。但陈炯明一方及驻穗美英领事馆都认为是国民党内讧。邓铿之死，给相当脆弱的孙陈关系雪上加霜。这绝非孤立事件，它预示着怎样的不祥之兆呢？1922年，孙中山在韶关誓师北伐。北伐军以破竹之势占领江西赣州，再攻吉安。北伐的势头非常迅猛，此时的孙中山踌躇满志，设想武力统一中国指日可待。形势会像他想像的那么顺利吗？就在北伐形势向好之际，陈炯明手下骁将叶举率精锐粤军突进省城。6月1日，孙中山从韶关返回危机四伏的广州，设宴招待粤军将领，不见高级军官前来。孙一连发三封电报，要陈炯明立即到广州面商一切。陈拒绝此时来广州。他说，在省城军队撤出之前，他不打算回广州。他说，一旦粤军叛孙，则“天下之恶皆归焉”。
这是个权力极大的机关，全称是“国民政府军事委员会委员长侍从室”，也就是委员长蒋介石的直接办事机构，因为蒋介石一直把持着军委会委员长这个职务，所以其“权倾朝野”。
