毛泽东知道后，于27日致电三野并告总前委和二野：“35军进入南京纪律严明，外国反映极好，但是侵入司徒的住宅一事做得不好。”他要求“三野查处此事”。
根据毛泽东的指示，在对部队深入进行外交政策纪律教育的同时，派军管会外事处长黄华与美方进行谈判沟通，很快妥善处理了此事。
4月27日，邓小平、陈毅从安徽合肥的瑶岗村渡江战役总前委赶到总统府。
当看到战士的一些不文明行为后，邓小平十分生气，严肃地对部队领导说：“总统府是文物，我们要爱护好。我们可不能做李闯王啊。从现在起，总统府中的全部人马立即撤出，不留一兵一卒。”
4月29日，南京市军事管制委员会主任刘伯承赶到总统府，与邓小平、陈毅一同视察了总统府。
“为接管南京，还搞了一个班子。”王辅一回忆，中共中央调集了2440余名有丰富城市工作经验和各方面专长的领导干部，参加南京的接管工作。邓小平、刘伯承、陈毅来到蒋介石的总统办公室，宽大的办公桌斜放在窗口，墙上挂着一幅镶在镜框里的大照片，那是1943年蒋介石就任国民政府主席时的戎装照。
办公桌上端放着台钟、笔插、毛笔、镇纸等。桌面上还摆放着一套《曾文正全集》。蒋介石对清朝重臣曾国藩一向推崇备至。此外，还在蒋介石的办公室里发现一对曾国藩的鸡血石章，一对翡翠石章，两串清代的朝珠。
目睹这一切，邓小平用浓重的四川口音，诙谐地说：“蒋委员长，我们来了，缉拿我们多年，今天我们上门了，看你还吹什么牛皮。”
刘伯承指着桌上的台历说：“瞧，蒋先生的台历还是23号哩，转移真不慢啊。”
陈毅一屁股坐在蒋介石办公桌前的皮椅上，拨通了一个长途电话，直通毛泽东在北平香山双清别墅的办公室。陈毅风趣地说：“主席，我是陈毅啊，我这是坐在蒋总统的椅子上向您汇报呢。”
这是个权力极大的机关，全称是“国民政府军事委员会委员长侍从室”，也就是委员长蒋介石的直接办事机构，因为蒋介石一直把持着军委会委员长这个职务，所以其“权倾朝野”。
