中日甲午战争爆发时，宋育仁正在伦敦，任中国驻英、法、意、比四国公使参赞。因公使龚照瑗回国述职，宋育仁暂时代其职务。宋育仁上书清廷，指出"倭兵少财乏，持久足以困之"。在获悉清军平壤溃败，黄海海战失利后，宋育仁情急之下产生了一个大胆设想，希望能出奇兵反败为胜。当下，他立即与使馆参议杨宜治、翻译王丰镐等密谋，购买英国卖与阿根廷、智利两国的兵舰五艘，鱼雷快艇十艘，招募澳大利亚水兵两千人，组成水师一旅，托名澳大利亚商团，以保护商队为名，自菲律宾北上直攻日本长崎和东京。此打算看似异想天开，可也具有相当程度的可行性。因为"澳大利亚为英国的属地，西例商会本有自募水师保护商旅之权，中倭战起，澳洲距南洋最近，颇为震动，商会发议，举办属地水师一旅，以资保护，（英国候补议绅）庵洁华特暗联议院同党主行其议，而以此谋所购一旅驾名（假名）于澳洲商会所为，仍挂英旗出口，则局外无嫌，而踪迹不露"（引自《借筹记》）。

战后清廷本打算对宋育仁作进一步的处理，但这一惊人壮举，牵连、涉及的人物确实太多，有朝廷重臣，还涉及到外国人士。知晓此事的人们对他的遭遇更是深表同情，所以，朝廷处理这事也有所顾虑，没再深究，只是收缴了他出使时所赏赐的二品顶戴，仍降回四品原职，回翰林院供职。