袁清贫一生，没有儿子，当时的妻子和胞弟都流放2千公里，一家的命运都坎坷不已……另外，据说当时袁崇焕被爱国群众愤怒地吃掉了，但还剩一个人头没吃，便被拿到边境上的九个重镇如大同、宁夏等地去示众。后来他的部下佘先生冒着灭九族的危险偷走了人头，从此北京广渠门外多了一座孤零零的坟丘和一个守墓的家族，这一守，就是十七代人(直到现在还有个佘老太太)。

明思宗(即崇祯皇帝)在崇祯二年(1629年)十二月初将袁崇焕逮捕入狱。囚禁审讯半年后，在崇祯三年(1630年)八月，明思宗以“袁崇焕咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战。及至城下，援兵四集，尽行遣散。又潜携喇嘛，坚请入城”罪名于三年八月碟(zhe)刑(分裂肢体)处死于西市，弃尸于市。行刑那天，袁崇焕毫无惧色，他被五花大绑，押上刑场，“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊”，袁崇焕卒年四十七岁。

世传清太宗皇太极施反间计，捕捉两名明宫太监，然后故意让两人以为听见满清将军之间的耳语，谓袁崇焕与满人有密约，皇太极再放其中一名太监回京。明思宗中计，以为袁崇焕谋反;但是阎崇年等一些学者则倾向于认为明思宗杀袁崇焕是因为朝廷内阉党余孽的诬陷，皇太极的反间计只是袁崇焕落狱之因。

袁崇焕在行刑前，念出了自己的遗言：

一生事业总成空，

半世功名在梦中。

死后不愁无勇将，

忠魂依旧守辽东