这本是一个皆大欢喜的协议。智利和英国获得了矿产资源，玻利维亚获得了稳定的税收。可是，1878年，玻利维亚为了筹措军费，单方面撕毁协议，提高硝石公司的税率。硝石公司当然不干了，拒绝纳税。于是，玻利维亚干脆没收了硝石公司的全部资产，将之进行拍卖，拍卖所得充为税收。

面对咄咄逼人的玻利维亚，智利决定进行反击。在英国的支持下，1879年2月14日，智利出兵占领了玻利维亚最大的港口城市安托法加斯塔。在这之前，玻利维亚与秘鲁签订了协议，建立了同盟。秘鲁也很快被拉入战争。4月5日，智利向玻利维亚和秘鲁宣布进入战争状态。南美太平洋战争爆发了。

由于这场战争涉及智利、秘鲁、玻利维亚3国对阿塔卡马沙漠的控制，人们称之为“鸟粪战争”。

智利有英国撑腰，从军事实力上来说，远远强于秘鲁和玻利维亚，海军舰船是后者的两倍。而秘鲁和玻利维亚的陆军装备低劣，玻利维亚军队里的印第安人，脚蹬凉鞋，靠弓箭和十字弩作战，连火器都不能使用。但是，秘鲁和玻利维亚对这场战争准备得非常充分，士气旺盛，一度将智利军队打得措手不及。智利随即利用海军的优势，对秘鲁和玻利维亚两国海岸线进行封锁，并在一场海战中歼灭了秘鲁舰队主力。

接下来的几年，智利以一己之力，与秘鲁和玻利维亚对阵，取得了连战连胜的骄人战绩，攻占了安托法加斯塔、塔拉帕卡、阿里卡、塔克纳等鸟粪和硝石主产地。在智利军队的进攻面前，秘鲁和玻利维亚联军毫无抵抗之力，一败涂地。由于败得太惨，消息传回国内，导致舆论大哗。秘鲁总统马里亚诺·伊格纳西奥·普拉和玻利维亚总统伊拉里翁·达萨威望丧尽，都被赶下台。

1883年10月、1884年4月，智利分别与秘鲁和玻利维亚签订协议，结束了这场持续了4年、伤亡人数达3万多的鸟粪战争。鸟粪战争改变了3个国家的命运。

智利、秘鲁、玻利维亚3国地图

秘鲁、玻利维亚为这场战争付出了惨重的代价。秘鲁被迫将安托法加斯塔、塔拉帕卡割让给智利，并将阿里卡、塔克纳交给智利管理10年。玻利维亚的损失就更大了，被迫将被智利占领的太平洋沿岸地区割让给智利。在这之前，玻利维亚拥有大片的海岸线。现在，这些海岸线全部丢掉了，玻利维亚变成了一个内陆国。秘鲁、玻利维亚实力大为削减，一蹶不振。

智利是最大的获利者。通过战争，智利获得了南太平洋上的大部分鸟粪资源、硝石矿藏，还拥有了漫长的海岸线和多个优良出海口，领土扩展了三分之一，成为了与阿根廷、巴西并立的南美“ABC强国”。