关于拓跋鲜卑的族源，《魏书》开篇即云：“昔黄帝有子二十五人……昌意少子，受封北土，国有大鲜卑山，因以为号……黄帝以土德王，北俗谓土为托，谓后为跋，故以为氏。”这番话不但解释了“拓跋”姓氏的来历，更将拓跋鲜卑的血统，直接上溯到了传说中的人文始祖——黄帝。同时期的南方史家则以鄙夷的口吻声称“索头虏，姓拓跋氏，其先汉将李陵后也。陵降匈奴，有数百千种，各立名号，索头亦其一也”。两种说法彼此抵牾，而《魏书》的倾向性也是一目了然的。当然，从现代的眼光看，拓跋氏自诩“黄帝之后”的做法，很可能只是一种边疆民族自身基于政治需要而进行的虚构，其目的不外乎“充先帝先王之后得到中原皇帝的合法性”而已，实在不足为凭。

这当然也是势不得不如此。因为拓跋鲜卑的历史绝不好写！距离魏收一个半世纪之前，邓渊就因为撰写《代纪》（北魏前身为代国），“暴扬国恶”横遭赐死，后来的崔浩又重蹈覆辙，死于修史。魏收写《魏史》，虽已在北齐之世，但北齐的高氏统治者虽为汉人却已深度鲜卑化——以至于《颜氏家训》抱怨士大夫子弟纷纷学习鲜卑语以求显贵——因此早期鲜卑族的历史对于魏收而言，仍旧只能谨慎小心，不越雷池一步。甚至《魏书》在叙述崔浩之死时，有意把崔浩得祸的原因分散到卢玄、高允等传中去，而崔浩本传却不著一字，也是这个道理。

《魏书》中由于时代背景造成的遗憾还不止于此。

两晋南北朝时期，门阀制度兴盛。所谓“上品无寒门，下品无势族”，这种观念反映到史书的撰述上，就成了以家谱形式撰写人物传记，《魏书》也深深地打上了门阀观念的时代烙印。实际上，它的材料的重要来源就是谱牒。有人就说，魏收“大征百家谱状，斟酌以成《魏书》”。《魏书》在给一些重要历史人物立传时，大多把此类人物的父祖与其子孙和同族其他人物都附带在传主后附列，不管这些附传人物本身有无官职，有无可书事迹，都要列叙其下，其事迹往往超过传主很多倍。其中有的家庭成员，事迹殊少，有的只有两三行字，没有立附传的必要。如赵郡李顺，其传中列举了59人；陕西名门李宝，传中列举50人之多，就好像是给人编写家谱一般。这样做的结果就是使传记本身过于琐碎。连与魏收关系紧密的杨愔也说：“但恨论及诸家枝叶亲姻，过为繁碎，与旧史体例不同耳。”这可以说是《魏书》里的又一个不足取之处。