而既然东晋王朝完全是靠门阀扶植起来的王朝，那么当门阀士族出现势弱的时候，东晋政权也就轻而易举的被下层崛起的军人颠覆。比如说刘裕的出现。此人的掌权加上东晋后期的相对安逸的生活，造就出了一批骨柔无力的门阀子弟，而此时的门阀士族早已丧失东晋初父辈的进取心与军事能力。而当刘宋王朝建立后，东晋的门阀贵族便彻底丧失了军事话语权。
后来的南朝皇帝皆起于行伍，国家也皆为“武人革命”建立起的新政权，开国君主为了稳固既得的地位，也为了重振皇权，必然要竭力避免门阀士族操持权柄的局面出现，故而大量任用寒人和下层士人，使之进入权力中枢，排挤门阀士族情势难免。
终于在历经两晋、南朝后，隋代以科举制取代了九品中正制。唐承隋制，继续实行科举制，且在规模上有所扩大，制度上趋向完备。到了唐代前期，则是以关陇集团为主体，联合其他门阀士族集团支持皇权这样一种政治格局。从汉到唐，门阀政治出现不同的格局是由于其所处历史背景不同决定的。
