明道二年（1033年），太后驾崩，仁宗亲政，召范仲淹入京，拜为右司谏。时群臣多议太后垂帘时为政之失，范仲淹却认为太后虽秉政多年，但亦有养护仁宗之功，建议朝廷掩饰太后过失，成全其美德。仁宗采纳，诏令朝廷内外不得擅自议论太后之事。仁宗因刘太后新亡，欲立杨太妃（宋真宗章惠皇后）为皇太后，参与军国大事。范仲淹认为频立太后，有皇帝不能亲政之嫌。仁宗采纳，罢黜太后册名，但称谓不改。当年七月，天下大旱，蝗灾蔓延，江淮和京东一带灾情尤其严重。为了安定民心，范仲淹奏请朝廷派人视察灾情，仁宗不予理会。范仲淹便质问仁宗：“如果宫中停食半日，陛下该当如何?”仁宗幡然醒悟，派范仲淹安抚灾民。范仲淹应诏赈灾，开仓济民，并将灾民充饥的野草带回朝廷，以警示六宫贵戚戒除骄奢之风。

明道二年（1033年）冬，郭皇后误伤仁宗，宰相吕夷简因与皇后有隙，遂协同内侍阎文应、范讽等人，力主废后。消息传出，群臣议论纷纷，都认为废后不合适，范仲淹也向皇帝进言。因吕夷简事先令有司不得接受台谏章疏，疏入内廷，不得奏。范仲淹遂率中丞孔道辅、侍御史蒋堂、段少连等十余人跪伏垂拱殿外，请求召见，仁宗不见，派吕夷简出来解释。范仲淹等与之当庭辩论，吕夷简理屈词穷，无以为对。第二天，范仲淹与众人商议，打算早朝之后，将百官留下，再次与宰相谏争。一行人刚走到待漏院，朝廷诏书下达，外放范仲淹为睦州知州，孔道辅等人也或贬或罚，无一幸免。河阳签判富弼上书仁宗，建议诏还范仲淹入京，以开言路，未得批复。景祐元年（1034年），范仲淹调任苏州知州，辟所居南园之地，兴建郡学。时苏州发生水灾，范仲淹命令民众疏通五条河渠，兴修水利，导引太湖水流入大海。次年，因治水有功，范仲淹被调回京师，判国子监，很快又转升为吏部员外郎、权知开封府。范仲淹在京城大力整顿官僚机构，剔除弊政，开封府“肃然称治”，时称“朝廷无忧有范君，京师无事有希文”。