此后近40年时间里，吴新智都在和非洲起源说“唱对台戏”，且越战越勇。

在对比分析大量古人类化石特征的基础上，吴新智从中国古人类化石年代顺序、共同形态特征、渐进变化、形态特征的异样性、镶嵌性、与其他地区古人类基因交流以及古文化证据等方面论证中国古人类演化以连续性为主，同时与世界其他地区古人类有渐增的基因交流。

他还罗列了11项支持中国古人类连续演化的共同特征，指出这些共同特征在整个中国古人类演化过程中或长或短的时期中持续存在。

在这些研究的基础上，他在1998年正式提出了关于中国人类进化的新假说——连续进化附带杂交，明确指出中国古人类进化模式以连续进化为主，附带与周边古人类的基因交流。

这个学说成为了多地区进化说的重要组成部分。

“他只是太热爱这份工作了”

进入21世纪，完全由非洲智人取代世界各地本土古人类的理论开始受到很多证据的质疑。

尤其是在2010年，德国马普学会演化人类学研究所所长斯万特·帕博发表了世界上第一个尼安德特人基因组草图，第一次直接比较了尼安德特人基因组与现今人类的基因组。

这项研究证明，除非洲人以外，当今欧亚人的基因组成里全都包含有1%~4%的尼安德特人的遗传成分，这种古老型人类从未被完全替代。

不仅如此，随着近20年来中国境内新的古人类化石的出现，吴新智发现东亚地区直立人、早期智人、现代人化石在演化时间分布上具有连续性，空间分布上南北都存在。

他还发现，中国的古人类在体质特征、文化遗物上也有一脉相承的特点。

因此，他坚持，智人在走出非洲的过程中是不断与当地的古人类发生混血、杂交，共同迈向现代人演化道路的，世界各地现代人类起源的类型不应该只存在一种模式。