御马监也是出提督京营、监军太监最多的太监部门，但司礼监也经常跑出来抢夺军权。司礼监的越南太监兴安就“总理军务”，帮助于谦实行军改。司礼监的太监也经常参与阅军工作，对御马监派出的监军太监挑三拣四，还利用手中推荐权，派出了大量其他部门的太监和御马监抢职位。司礼监和御马监最著名的冲突发生在明英宗时期，明英宗复辟后立刻就杀了御马监掌印太监郝义，因为他得到消息，郝义密谋带着勇士营等御马监直属部队（最多时有4万人，最少时也有6000多人）干掉刚接管司礼监的曹吉祥（夺门之变后的赏赐）。这是当年曹公公（当时是在内官监任上）和御马监抢兵权的恶果，曹公公因此痛感自己身边缺兵少将（其实不少），就向明英宗要到了提督全部京营的权力，这才有了后来的谋反，而平定曹公公的主力还是御马监的勇士营。

御马监和司礼监的争斗到了天启、崇祯年间尘埃落定，跟着袁崇焕守住的宁远城的刘应坤刘公公就是最好的证据，他的官衔全称是“司礼监秉笔太监总督忠勇营兼掌御马监印务”，靠魏公公帮忙司礼监已经彻底控制了御马监。崇祯掌权后，并没有中止这一迹象，反而延续了下来，崇祯二年曹化淳曹公公就得到了提督京营的权力，也兼职充当御马监掌印太监；王承恩也到到了类似的权力。在明朝即将灭亡时，崇祯更是将司礼监大小太监放出去当监军，彻底终结了御马监的权力。

崇祯不是不会揽权，他也很能折腾，但后果却是……