作为皇太后，慈禧太后和慈安太后都不适宜居住在原来的宫殿里，随即搬到长春宫居住。

长春宫也是西六宫之一，位于翊坤宫以西，咸福宫和启祥宫之间。长春宫正殿建筑规格为黄琉璃瓦歇山顶，面阔5间，有东西配殿，分别是绥寿殿和承禧殿。《王氏东华续录》记载：“上（同治皇帝）奉母后皇太后居长春宫绥履殿，圣母皇太后居长春宫平安室，每日亲诣问安。”这是说，慈安太后居住在绥履殿，慈禧太后居住在平安室。

1873年，同治皇帝亲政，慈禧太后归政，每天在长春宫里以看戏消遣时光。看戏的地方，在长春宫南面体元殿的后抱厦。1874年，是慈禧太后四十寿辰。同治皇帝耗费了17万两银子，对长春宫各处殿堂进行了修葺和装潢。

1884年，适逢慈禧太后五十大寿。那时候，慈安太后早已病逝，慈禧太后不愿意一个人居住在长春宫里，就搬回到储秀宫居住。这时候，慈禧太后一个人执掌大权，当然不会委屈自己仍然住在储秀宫的后殿里。她耗费了63万两白银对储秀宫进行了大规模整修，将储秀宫和翊坤宫打通，形成一体。

慈禧太后一个人居住在两个宫殿，超出了后妃的规格，在清朝属于前无古人后无来者的孤例。

慈禧太后将翊坤宫作为自己的主殿。每逢重大节日，慈禧太后都要在这里接受妃嫔们的朝拜。储秀宫变成了慈禧太后的寝宫。慈禧太后用膳的地方，是翊坤宫的后殿体和殿。储秀宫的后殿丽景轩，则被慈禧太后作为看戏的场所。

由于光绪皇帝年龄越来越大，即将亲政。慈禧太后未雨绸缪，从1885年开始，在西苑修建三海，并将仪鸾殿作为她的起居场所。1888年，仪鸾殿建成。慈禧太后搬出故宫，来到仪鸾殿居住。当年6月23日，翁同龢在日记中写道：“移居仪銮殿新室，即两卷殿，前此油漆未齐，今日始进匠搭棚，即日移居。”

第二天，慈禧太后在仪鸾殿第一次接受了光绪皇帝的请安。

在那以后，慈禧太后就极少回到故宫居住。平时，慈禧太后居住在西苑仪銮殿。到了酷热难耐的夏天，慈禧太后就会前往颐和园避暑。为了方便慈禧太后出行，李鸿章还在西苑修建了一条铁路，并从法国新盛公司德威尼订购了一辆豪华专列送给她。慈禧太后从此步入了铁路时代。

当然，慈禧太后虽然没有居住在故宫，但仍然掌控着朝政大权。戊戌变法时，慈禧太后正是在西苑仪銮殿发号施令，终结了这场维新变法运动。