而从袁崇焕“擅杀毛文龙”的结果来看，其造成的后果更为糟糕，使得毛文龙部没了主帅、军心离散、以致背叛投敌，清初被封为藩王的明四大降将，除了吴三桂外，耿仲明、尚可喜、孔有德都是毛文龙的部将，可见毛文龙的部队是极有战斗力的。而毛文龙部投降后，不止为后金长驱南下解决了后顾之忧。耿、尚、孔还为后金携带来了大量的攻城重装武器，为后金军队攻城能力的不足打开了局面。而耿、尚、孔还作为后金军队几次大规模入关寇掠中原的向导，在满清入关后，更是作为消灭农民军和南明军的向导与前锋。没有耿、尚、孔的投敌，后金军队的攻势就打不开局面，更不敢深入大明内地来寇掠。
再从“私自议和”来看。“五年复辽”就像一个紧箍咒越来越束缚着袁崇焕的身心头脑。从辽东的实际情形来看，能守住已有领土也属不易，把“复辽”当成短期目标，就有些不切实际了，所以其只有想通过与后金议和来谋取实力恢复的时间以及一些意外的可能。可是虽然起初袁崇焕向崇祯帝提过“以和为旁著”。但是，后来明廷还是否决了议和的提议，如此作为交战状态的双方，前线边防的最高将领却和敌方来往甚密。那么这是“私自议和”还是“通敌谋叛”就很难让人辨明了。就好比中苏对峙时期，如果东北军区最高司令长官平常与苏联军方私下来往甚密，突然有一天，两方几乎差不过时间共同抵达北京城下的话，那谁能辨明他们私下谈的是啥？所以作为前方最高军事将领，对议和如此敏感的话题就必须要获得后方的首肯，并要时刻汇报交谈的内容及进度才是。
至于其它的“市米资敌”的罪状等，这些都是公开违反朝廷的法度，都不是“欲加之罪”。
岳飞被加以“莫须有”之罪名，岳飞撕开衣服，露出后背“尽忠报国”的刺字，并手书“天理昭昭”的四个大字。岳飞被杀，世人皆骂秦桧弄权误国。而袁崇焕自被下诏狱到被凌迟处死始终没有发一言，北京臣民争食其肉、骂其汉奸，在后来的许多明朝的遗民士大夫的笔下，袁崇焕的形象也都极为不好。这个跟岳飞比起来就云壤之别了。
至于说崇祯帝因为中了离间计才杀的袁崇焕就更显得荒唐了，历史不是小说，“蒋干盗书”使得曹操中了离间计而错杀了蔡瑁、张允。蔡、张二人到死都不知道自己究竟是因何而死，曹操杀蔡、张，没有经历任何司法程序，也没有给他们任何辨白的机会，仅凭一张未经辨明真伪的通敌信就给杀了。而袁崇焕案却不是如此，是经司法程序的。纵使是中了离间计，起了疑心，也要有证据才可以杀的。而袁崇焕面对那么多罪状指控，一句辨白都没有，因为这些指控都是确确实实的，不是凭空捏造的，更不是可以推翻的，所以袁崇焕案就绝不是一个冤案。
