实际上，日本国内对于侵朝战争的意见并不统一，很多封建领主并未从侵朝战争中获得好处，但却又要分摊征兵纳粮的任务。一些人在不满的同时也试图阻止这次出征。第一次侵朝的主要将领小西行长，早在1596年秋天，就向朝鲜使臣的翻译讲了第二次日军入侵的时间和部署，1597年夏，小西行长派人会见了朝鲜庆尚右兵使金应瑞，详细说明了日军即将执行的进军计划，并建议朝鲜坚壁清野，并征召新兵，进行战前动员，但是，朝鲜国王及其身边近臣，对这一事件并未给予足够的重视，整个政权沉迷于内部党争，而且还撤换了前次战争中表现出色的李舜臣等将领，换上了若干昏庸之辈掌管水陆两军，而把希望完全寄托在明朝中央政权的支援上。

1597年6月，日军主力抵达朝鲜。此次进军，日军吸取了以往教训，将11万多人的部队分为两路，左路(也就是西路)，由小西行长率49600人，进攻全罗、忠清两道(即今天韩国的西南部地区)，右路(即东路)由加藤清正为先锋，率军64300人，攻击庆尚道(即今天韩国东南部地区)。

在海上，日军于七月十五，趁满月之日，以优势兵力突袭朝鲜水军主力驻地。代替名将李舜臣指挥的元均昏庸无能，毫无应有的警惕，结果全军覆没，包括“龟船”在内的大量战船被焚毁。日军顺势占领了朝鲜半岛西南端的几处据点，不仅可以威胁汉城，而且可以袭扰山东和辽东沿岸。

明朝在得知日军再度北侵的消息后，再度向朝鲜派出援兵，加上原先驻朝的部队，以及朝鲜军队，总兵力约5万多人。1597年12月，联军到达庆州，专攻敌右路主力加藤清正驻扎的蔚山要塞。双方的兵力对比约为4万对2万。但由于指挥不当，联军围攻蔚山10余天未下，反而在日军援军来临之际出现溃退局面，全军损兵上万，撤回汉城。而日军也损失惨重，蔚山城内能战者仅千余人。日军只得从朝鲜半岛将一半以上兵力调回国内休整(也是为了即将到来的耕种季节)，在半岛上的兵力还余下6万多人。日军还在半岛南端沿海的几个要点，如蔚山等地，巩固了要塞防御，其长期计划，是打算步步为营，蚕食朝鲜。