然而，陆建瀛是一位优秀的行政官员，却未必是一位优秀的军事将领。特别是当清军大范围溃败时，陆建瀛的努力显得更加无足轻重了。

其实，在太平军还没有打到南京时，陆建瀛有“拒敌于国门之外”的想法，以攻为守。1852年底，陆建瀛亲自率领大军溯江而上前往江西九江，打算将太平军堵在江西一带。可是，一场败仗下来，陆建瀛见势不对，赶紧撤退，带着残部灰溜溜地回到了南京。

南京是六朝古都，城墙高大坚固，照说是可以坚守一年半载的。可是，太平军的攻势太猛了，防守南京的清军太弱了。太平军只用了十几天时间就攻破了南京城。

陆建瀛闻讯，带着一支兵勇出南门，在十庙附近与太平军遭遇了。经过一番激战，陆建瀛当场战死。《清史稿》记载：“与太平军遭遇激战，格半间建瀛身受九伤，力竭而殒。”

清廷对于战死的文武官员，往往给予优厚的抚恤。湖北巡抚常大淳战死于武昌后，诏赠总督，追加谥号“文节”，入祀昭忠祠，在湖北建立专祠，子孙后代世袭骑都尉、恩骑尉。可是，陆建瀛战死后，不但没有享受清廷的抚恤，反而遭到严厉惩处，被革职抄家。这是怎么回事呢？

原来，陆建瀛战死后，安徽建阳守卫汪大成捏造陆建瀛弃城逃跑，并鼓动继任两江总督怡良奏报朝廷。朝廷据此指责陆建瀛“丧师失节”，下令将他革职抄家。

好在后来曾国藩帮助陆建瀛辩解，为他恢复了荣誉。

12年后的1865年，钦差大臣、两江总督曾国藩在率部收复南京后，奉旨调查陆建瀛一案。在多方调查后，曾国藩查实陆建瀛并无弃城逃跑一事，而是战死殉国，便据实上报。

同治皇帝根据曾国藩的报告，决定恢复陆建瀛的两江总督衔，将所抄没的家产全部还给他的后代，追赠谥号“文节”。同时，将汪大成流放戌守边疆。