虽说如此，宋神宗看了苏轼的奏章，还是颇受触动。这位皇帝激动地对人说："我本来对那些建议就有怀疑，见了苏轼的议论，才有了明确认识。”当天便召见苏轼，向他求教说：“目前的政令有哪些得失？即使我本人有过错也请你直接指出来。”苏轼谦逊辞让了很久才说：“我私下认为您要求治理好国家的心太急了。听信的各种意见太多了，提拔人才太快了。希望您能安静沉稳地等待事物自己发展，然后根据情况采取对应的措施。”神宗倾耳谛听，并表示：“你的三句话，我会细细考虑的”——不过当时他正在变法的兴头上，对苏轼的话其实并没有听进去。苏轼极力反对的科举制度改革也在第二年付诸实施。废除诗赋，仅用经义策论选拔人才，堪称唐宋科举制度史上最全面、最根本的变革，也决定了此后八百年科举制度的发展方向。

这场变更科举考试内容的争论发生后，苏轼兄弟与王安石新政集团间的矛盾，变得日趋激化。苏轼还利用进士考试的机会反对“变法”。他看到王安石鼓励神宗独断、专任，苏轼在《国学秋试策问》中就故意出题，“晋武帝进攻东吴时，因独断而取得胜利，前秦苻坚攻打东晋时却因独断而灭亡；齐桓公专任管仲而实现霸业，燕王哙专任子之而招致失败。为什么事情相似而结果不一样？”这段话其实就是在指桑骂槐，暗指王安石要神宗独断、专任，并引导考生抨击王安石的主张。