1057年，幽州一带发生地震，悯忠寺被摧毁。1070年，辽国人将悯忠寺在原址修复，改称为“大悯忠寺”。

1127年，金军大举南下，攻陷了北宋都城开封，将宋徽宗赵构和宋钦宗赵桓押送到北方，拘禁了20多年。1153年，金海陵王完颜亮迁都燕京后，将宋钦宗关押在大悯忠寺里，住了好几年，直至病逝。

1289年，抗击元朝军队的南宋谢枋得被俘获到元大都，囚禁在大悯忠寺里。谢枋得看见墙壁间有一块曹娥碑，哭泣说：“小女子犹尔，吾岂不汝若哉？”随后谢枋得绝食5天，为国尽节。

1341年早春，元朝著名诗人张翥来到大悯忠寺参观，登上了悯忠阁，感怀之余，写下一首七律《辛巳二月朔登悯忠阁》：“百级危梯溯碧空，凭阑浩浩纳长风。金银宫阙诸天上，锦绣山川一气中。事往前朝僧自老，魂来沧海鬼犹雄。只怜春色城南苑，寂寞馀花落旧红。”

1630年，著名抗清名将袁崇焕被崇祯皇帝凌迟处死，刑场就在离大悯忠寺不远处的菜市口。袁崇焕死后，无人敢为他收敛尸骨。这时候，袁崇焕身边一个姓余的仆人冒着生命危险站出来，将他的尸骸偷出来，藏在大悯忠寺里。等风声过后，姓余的仆人才将袁崇焕悄然安葬。

清朝雍正年间，由于大悯忠寺年久失修，清廷拨款进行重修。重修后，大悯忠寺被改名为“法源寺”——这就是今天的名字。

清朝末年，康有为、梁启超等人发起了著名的戊戌变法。然而，戊戌变法只进行了100天就宣告失败。维新志士谭嗣同、康广仁、林旭、杨深秀、杨锐、刘光第被清廷杀害于菜市口刑场。他们的遗体也一度被藏在法源寺，然后才被分别安葬。

1400多年来，法源寺不但成为了京城的一座地理坐标，更是一座文化坐标。无数文化名人来过法源寺，留下大量人文遗迹。2001年，法源寺成为第五批全国重点文物保护单位。