乾隆二十三年（1758）正月廿二，返回京城的汪由敦溘然病逝。乾隆皇帝赐陀罗卫以殓，亲临祭奠茶醊，著加赠太子太师，赐溢“文端”，入祀贤良祠。乾隆帝高度评价“吏部尚书汪由敦老成端恪，敏练安祥，学问渊醇，文词雅正。简任部务，供奉内廷，夙夜在公，勤劳匪懈”，御赐“六曲持衡”。
汪由敦虽身居高位，但一直为官清廉，去世后也没多少积蓄，“丧还，老屋数椽，不容旋马，惟赐书满载而已。”《碑传集》等书籍真实记录了他的清贫嘉行。
从汪由敦的身上，可以看到心系苍生、德行天下的儒家风范，看到踏实勤勉、低调务实的徽州精神，还可以看到清廉自守、一尘不染的文人情操。他为学勤奋、夙夜在公之精神，为人低调谦和、为官正直清廉之作风，永远值得今人学习和感悟。
