而维新政府这边到了1873年11月决定设立内务省，大久保利通任内务卿组成大久保政权。大久保迅速实行政府改组。大限重信、伊藤博文和山县有朋得到了重用，大久保与大限、伊藤成为政府内的主流派。大久保还效仿德国首相加强资产阶级的暴力统治，在重建近卫军以后1874年日本陆军省内设参谋局，1878年12月改设参谋本部，很快实行军队近代化。随后大久保依靠手中的军队，推行富国强兵政策，坚决走上资产阶级欧化道路。大久保政权推行近代化政策采取一系列剥夺士族政治经济特权的措施。其中少数原上级武士上升为官吏、地主和资本家。而绝大多数原下级武士则变成了工资劳动者和被剥削者。

▲山县有朋照

这样一来西乡隆盛彻底成了丧失特权利益武士的代表者。西乡派萨摩武士势力的急剧增加是对大久保政权的致命威胁。鉴于政局不稳，大久保于1874年和1875年先后派遣大山岩和三条西秀知前往鹿儿岛劝说西乡重新参加内阁。但西乡通过写诗表达了甘为武士阶层复辟献身的决心。“官僚派”与“武士派”的矛盾和平解决的企图由于西乡断然拒绝而失败，至此大久保政府与西乡所代表的武士阶层双方都在株马厉兵，内战已经无可避免。

为此大久保政府为防不策事伟决定将鹿儿岛的矶、草牟田和樱岛三个仓库内的武器、弹药转运到大阪。到在1877年1月11日夜，萨摩军攻占了以上地区并夺取了武器弹药。事情到了这一步，萨摩军很明显已经决心发动叛乱，为了出师有名，1877年2月上旬，他们突然逮捕了去年回鹿儿岛探亲的政府警官中原尚雄等十人，然后进行严刑拷问，致使中原等人伪供:“受内务卿大久保利通、警视厅长川路利良的密令，为刺杀西乡隆盛而来探亲的。”萨摩军则以“刺杀西乡”为口实，要求“一定和政府作战”，西乡隆盛当即表示“那就按你们的想法办，我把自己交给你们。”由此可见，挑起西南战争的不是别人，西乡隆盛正是内战的祸首。因鹿儿岛地处日本西南部，这次内战被称为“西南战争”。

此后西乡打出“新政厚德”的旗帜，以示反对大久保政权的统治。2月12日，西乡组成萨摩军，下属八个大队，有一万三千人。萨摩军则拥立西乡隆盛为“征伐大元帅”。当萨摩当地举兵消息传出后，各地反政府的旧武士视为天赐良机，熊本、福岗、大分县等没了土地的下级武士纷纷投奔西乡的军队，西乡的叛军迅速达到三万多人。至1877年2月15日，西乡统率萨摩军二万五千人，挥军北上包围了熊本城，从而揭开了西南战争的序幕。