萨摩军的战略计划是，首先“一气拿下”熊本，然后东上。内战开始时，萨摩士族瞧不起政府军，他们把希望寄托在刀上，认为武士手中的刀比政府军的新式武器更为有用。而新政府为了应对西乡举兵，同样在1877年2月12日，派出陆军卿山县有朋中将，向太政大臣三条实美提出征讨萨摩叛军的作战计划。2月18日，明治政府发布“讨贼令”。任命有栖川宫炽仁亲王为征讨军总督，任命陆军中将山县有朋、海军中将川村纯义为参军，统率四个旅团和六个别动旅团，共动员陆海军六万多人。全力进行围剿萨摩叛军。2月24日，政府军开始西征，大本营设在大阪。

驻守熊本城的政府军，由司令官陆军少将谷干城指挥，集中陆军精锐将校，固守城池。萨摩军日夜殊死冲锋，但是，熊本城固若金汤，使萨摩军轻敌战略开始受挫。3月4日，在田原坂激战半个月，萨摩军的刀枪终于还是抵挡不住政府军的近代化武器，武士之刀不可战胜的“神话”破产了，萨摩军名将筱原国干在战斗中阵亡。从此战争形势发生了变化，萨摩军由进攻转为防守。政府军终于夺占了田原坂战略要地，与熊本城守军取得了联系，形成了包围萨摩军的态势。田原坂战役后，萨摩军一路败退，到了八月中旬，萨摩军已经陷于重重包围之中，在新政府军进攻下，已面临败亡的绝境。8月17日，西乡亲自指挥萨摩军从可爱狱突围，回军鹿儿岛。当突围可爱狱时，萨摩军已不足五百人了。9月1日，西乡带领残兵败将回到鹿儿岛，死守城山。9月24日，政府军发起总攻势，西乡身中流弹后，于城中身亡。随后萨摩叛军全部覆灭，西南战争以政府军胜利而结束。

西南战争历时八个月，双方共伤亡3万多人，这场较大规模的流血内战，是萨摩带领各地旧下级武士发动的，就其性质而言是日本守旧势力与革新势力矛盾的白热化表现，战争破坏了明治维新初期相对稳定的社会秩序。但也标志着日本旧势力彻底消亡。而从西乡和大久保的私人立场来看这场战争，大久保利通他主张在学习西方先进的政治、经济制度下富国强兵，旧势力的代表西乡等人必须镇压。所以西南战争是明治初的日本早晚都要经历的，不清除旧势力，就不能全力地面对日本的未来。只不过这个未来是军国主义的未来……