当李登辉看到自己曾经的亲信宋楚瑜的势力扶摇直上，又感到威胁，借用“兴票案”打压宋楚瑜，最终迫使宋楚瑜退出国民党，另立亲民党——国民党终于四分五裂。

终于在2000年3月的大选中国民党败于民进党陈水扁之手——人们讽刺说：“李登辉对于国民党的‘贡献’，就在于他使国民党分裂为三个党———国民党、亲民党和新党。”

面对李登辉逐步暴露的本来面目，2001年，蒋经国之子蒋孝勇的遗孀蒋方智怡女士曾向公众披露，蒋经国曾在日记中“对于选李登辉做‘副总统’人选有些反悔”。与此类似，当年曾受命考察李登辉，并明确表态赞同蒋经国提拔李登辉的孙运璿，后来在谒蒋经国之灵时也曾痛哭流涕，深恨当时没看出李登辉会“变了态度”。

李登辉之所以能得到蒋经国的信任成为蒋经国身后的接班人，就如前文所引评论，是李登辉用“文雅谦和的学者面目”掩藏了他的“强悍和霸道”。蒋经国在相当长的考察与试用阶段，并没有真正看清李登辉的伪装面目。加上一系列巧合与机遇的加持之下，等蒋经国最终有所察觉的时候，已经木已成舟，难以挽回了。