谁知道余杭知县刘锡彤的儿子刘子和早就对俊俏美丽的毕秀姑心动不已，想效仿“潘金莲与西门庆”的故事，于是用迷药奸污了毕秀姑，又把她丈夫葛小大毒死。刘锡彤为保住儿子性命和发泄私愤，便移花接木，把杨乃武骗至县衙，严刑逼供，以“谋夫夺妇”定拟，问成死罪。
杨乃武和其胞姐杨淑英、妻子詹氏不服，屡屡上诉，历时二年，前后几十堂，皆因刘锡彤上下疏通贿赂，以致官官相护，依旧判定死罪，并详文刑部。詹氏也因上告失败而获罪被拘，幸同科举人汪士屏联合士绅上书刑部辨冤，刑部侍郎夏同善驳回详文，并请得谕旨命浙江三大宪会审。
杨淑英为救弟弟，怀抱侄儿去省城探监，求秀姑据实翻供，毕秀姑深觉愧疚，当即应允。谁知浙江巡抚杨昌浚为保住自己面子和众多参审官员顶子，依仗拥兵边疆左宗棠之势，会同藩台、臬台蓄意抗命，不准毕秀姑翻供，复以“通奸谋命”定拟，上奏。
杨昌浚此举激起浙江士绅公愤，杨淑英在他们支持下，至狱中让杨乃武写冤状，冒死赴京，滚钉板告状。光绪帝生父醇亲王痛恨杨昌浚蔑视朝廷，又怕各省督抚仿效，决意替杨乃武翻案，以示警饬。
《申报》对此案进行了连续报道并关注着事态的发展。《申报》对杨案的报道，维护法制，申张正义，不但鼓励了杨乃武家属反复上京呈控，也促使朝廷不得不降旨着令刑部重审杨案。最后在慈禧太后的插手下，经开棺验尸，澄清了案情，得以翻案。涉案的300多名官员有30余人被革职、充军或查办，150多名六品以上的官员被革除顶戴花翎，永不续用。
出狱之日，杨乃武目击毕秀姑奉懿旨，被押解尼庵削发为僧，自己虽保住了命，却已一身伤残，几为废人，连举人功名也不准恢复，不禁黯然自问：“我这冤案是昭雪了么？大清真有青天么?……一曲冤歌传百年，长伴遗恨说青天?”
